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万見
- EMDB-0465: Pseudomonas aeruginosa bacterial flagellar motor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0465
タイトルPseudomonas aeruginosa bacterial flagellar motor
マップデータem-volume_P1
試料
  • 細胞: Pseudomonas aeruginosa
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 59.0 Å
データ登録者Kaplan M / Ghosal D / Subramanian P / Oikonomou CO / Kjaer A / Pirbadian S / Ortega DR / Briegel A / El-Naggar MY / Jensen GJ
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The presence and absence of periplasmic rings in bacterial flagellar motors correlates with stator type.
著者: Mohammed Kaplan / Debnath Ghosal / Poorna Subramanian / Catherine M Oikonomou / Andreas Kjaer / Sahand Pirbadian / Davi R Ortega / Ariane Briegel / Mohamed Y El-Naggar / Grant J Jensen /
要旨: The bacterial flagellar motor, a cell-envelope-embedded macromolecular machine that functions as a cellular propeller, exhibits significant structural variability between species. Different torque- ...The bacterial flagellar motor, a cell-envelope-embedded macromolecular machine that functions as a cellular propeller, exhibits significant structural variability between species. Different torque-generating stator modules allow motors to operate in different pH, salt or viscosity levels. How such diversity evolved is unknown. Here, we use electron cryo-tomography to determine the in situ macromolecular structures of three Gammaproteobacteria motors: , , and , providing the first views of intact motors with dual stator systems. Complementing our imaging with bioinformatics analysis, we find a correlation between the motor's stator system and its structural elaboration. Motors with a single H-driven stator have only the core periplasmic P- and L-rings; those with dual H-driven stators have an elaborated P-ring; and motors with Na or Na/H-driven stators have both their P- and L-rings embellished. Our results suggest an evolution of structural elaboration that may have enabled pathogenic bacteria to colonize higher-viscosity environments in animal hosts.
#1: ジャーナル: bioRxiv
タイトル: The structural complexity of the Gammaproteobacteria flagellar motor is related to the type of its torque-generating stators
著者: kaplan M / Ghosal D / Subramanian P / Oikonomou CO / Kjaer A / Pirbadian S / Ortega DR / El-Naggar MY / Jensen GJ
履歴
登録2019年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月30日-
マップ公開2019年1月30日-
更新2019年1月30日-
現状2019年1月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 179
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 179
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈em-volume_P1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.06 Å/pix.
x 70 pix.
= 914.2 Å		13.06 Å/pix.
x 100 pix.
= 1306. Å		13.06 Å/pix.
x 70 pix.
= 914.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 179.0 / ムービー #1: 179
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)141.957439999999991 (±43.699986000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ1007070
Spacing7010070
セルA: 914.2 Å / B: 1306.0 Å / C: 914.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z13.0613.0613.06
M x/y/z7010070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z914.2001306.000914.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS7010070
D min/max/mean0.000255.000141.957

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas aeruginosa

全体名称: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
要素
  • 細胞: Pseudomonas aeruginosa

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超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa

超分子名称: Pseudomonas aeruginosa / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 59.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 144
抽出トモグラム数: 156 / 使用した粒子像数: 144
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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