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万見
- EMDB-0439: human BK channel reconstituted into liposomes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0439
タイトルhuman BK channel reconstituted into liposomes
マップデータhuman BK channel reconstituted into liposomes
試料
  • 複合体: human BK channel reconstituted into liposomes
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
キーワードthe large conductance voltage- and calcium-activated potassium (BK) channel / Ca2+ sensor / gating ring / random spherically constrained (RSC) single-particle cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / caveola / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang L / Tonggu L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM096458 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Broken symmetry in the human BK channel
著者: Tonggu L / Wang L
履歴
登録2018年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月26日-
マップ公開2020年6月17日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nd0
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0439.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human BK channel reconstituted into liposomes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0153 / ムービー #1: 0.0153
最小 - 最大-0.052314363 - 0.09064497
平均 (標準偏差)0.0004835051 (±0.0042055035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 270.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0561.0561.056
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.336270.336270.336
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0520.0910.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human BK channel reconstituted into liposomes

全体名称: human BK channel reconstituted into liposomes
要素
  • 複合体: human BK channel reconstituted into liposomes
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

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超分子 #1: human BK channel reconstituted into liposomes

超分子名称: human BK channel reconstituted into liposomes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

分子名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.256867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LKTSNSIKLV NLLSIFISTW LTAAGFIHLV ENSGDPWENF QNNQALTYWE CVYLLMVTMS TVGYGDVYAK TTLGRLFMVF FILGGLAMF ASYVPEIIEL IGNRKKYGGS YSAVSGRKHI VVCGHITLES VSNFLKDFLH KDRDDVNVEI VFLHNISPNL E LEALFKRH ...文字列:
LKTSNSIKLV NLLSIFISTW LTAAGFIHLV ENSGDPWENF QNNQALTYWE CVYLLMVTMS TVGYGDVYAK TTLGRLFMVF FILGGLAMF ASYVPEIIEL IGNRKKYGGS YSAVSGRKHI VVCGHITLES VSNFLKDFLH KDRDDVNVEI VFLHNISPNL E LEALFKRH FTQVEFYQGS VLNPHDLARV KIESADACLI LANKYCADPD AEDASNIMRV ISIKNYHPKI RIITQMLQYH NK AHLLNIP SWNWKEGDDA ICLAELKLGF IAQSCLAQGL STMLANLFSM RSFIKIEEDT WQKYYLEGVS NEMYTEYLSS AFV GLSFPT VCELCFVKLK LLMIAIEYKS ANRESRILIN PGNHLKIQEG TLGFFIASDA KEVKRAFFYC KACHDDITDP KRIK KCGCK RPKMSIYKRM RRACCFDCGR SERDCSCMSG RVRGNVDTLE RAFPLSSVSV NDCSTSFRAF EDEQPSTLSP KKKQR NGGM RNSPNTSPKL MRHDPLLIPG NDQIDNMDSN VKKYDSTGMF HWCAPKEIEK VILTRSEAAM TVLSGHVVVC IFGDVS SAL IGLRNLVMPL RASNFHYHEL KHIVFVGSIE YLKREWETLH NFPKVSILPG TPLSRADLRA VNINLCDMCV ILSANQN NI DDTSLQDKEC ILASLNIKSM QFDDSIGVLQ ANSQGFTPPG MDRSSPDNSP VHGMLRQPSI TTGVNIPIIT ELVNDTNV Q FLDQDDDDDP DTELYLTQPF ACGTAFAVSV LDSLMSATYF NDNILTLIRT LVTGGATPEL EALIAEENAL RGGYSTPQT LANRDRCRVA QLALLDGPFA DLGDGGCYGD LFCKALKTYN MLCFGIYRLR DAHLSTPSQC TKRYVITNPP YEFELVPTDL IFCL

UniProtKB: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
12.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
90.0 mMKClPotassium chloride
1.2 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.133 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: BK proteoliposomes were applied onto a glow-discharged perforated carbon grid (CFlat R2/2, EMS), and incubated for 5-10 min In an FEI Vitrobot Mark IV (FEI). After incubation, the sample was ...詳細: BK proteoliposomes were applied onto a glow-discharged perforated carbon grid (CFlat R2/2, EMS), and incubated for 5-10 min In an FEI Vitrobot Mark IV (FEI). After incubation, the sample was blotted from the side and buffer containing 10 mM HEPES, pH 7.3, 75 mM KCl, and 1 mM EDTA was applied onto the TEM grid to further swell proteoliposomes. Then grids were blotted for 7 s with force 0 and fast frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen..
詳細Swelled BK proteoliposomes yielded a concentration of 2 mM lipid and 1mg/ml protein.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.8 K / 最高: 103.5 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細The Coma free alignment was performed using Auto-CTF software from FEI.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-43 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3089 / 平均露光時間: 8.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were recorded in an automated fashion on a Gatan K2 Summit (Gatan) detector set to super-resolution mode with a super-resolution pixel size of 0.525 A using Leginon. The dose rate on ...詳細: Images were recorded in an automated fashion on a Gatan K2 Summit (Gatan) detector set to super-resolution mode with a super-resolution pixel size of 0.525 A using Leginon. The dose rate on the camera was set to be ~8 counts per physical pixel per second. The total exposure time was 8.6 s (0.2 s/frame), leading to a total accumulate dose of 60 electrons per A2 on the specimen.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.852 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Dose-fractionated super-resolution image stacks were motion-corrected with MotionCorr2. Each frame in the image stack was divided into 5x5 patches for anisotropic image motion correction and dose weighting was carried out to calculate the motion-corrected image.
粒子像選択選択した数: 275295
詳細: Approximately 4,800 particles from 350 micrographs were interactively selected and classified using RELION. Ten representative classes were selected as the templates for automated particle ...詳細: Approximately 4,800 particles from 350 micrographs were interactively selected and classified using RELION. Ten representative classes were selected as the templates for automated particle picking using RELION. The automated picked particles were screened using homemade MATLAB (MathWorks) programs to exclude particles more than 80 A away from any liposome, which resulted in 275,295 particles from 2,786 micrographs.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5tji

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 122456
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 2750 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6nd0:
human BK channel reconstituted into liposomes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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