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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0348 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation I | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation I | |||||||||
試料 |
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キーワード | protein-DNA complex / transcription initiation / RNA polyermase / DNA promoter melting / Transcription / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen J / Chiu CE | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: TraR allosterically regulates transcription initiation by altering RNA polymerase conformation. 著者: James Chen / Saumya Gopalkrishnan / Courtney Chiu / Albert Y Chen / Elizabeth A Campbell / Richard L Gourse / Wilma Ross / Seth A Darst / 要旨: TraR and its homolog DksA are bacterial proteins that regulate transcription initiation by binding directly to RNA polymerase (RNAP) rather than to promoter DNA. Effects of TraR mimic the combined ...TraR and its homolog DksA are bacterial proteins that regulate transcription initiation by binding directly to RNA polymerase (RNAP) rather than to promoter DNA. Effects of TraR mimic the combined effects of DksA and its cofactor ppGpp, but the structural basis for regulation by these factors remains unclear. Here, we use cryo-electron microscopy to determine structures of RNAP, with or without TraR, and of an RNAP-promoter complex. TraR binding induced RNAP conformational changes not seen in previous crystallographic analyses, and a quantitative analysis revealed TraR-induced changes in RNAP conformational heterogeneity. These changes involve mobile regions of RNAP affecting promoter DNA interactions, including the βlobe, the clamp, the bridge helix, and several lineage-specific insertions. Using mutational approaches, we show that these structural changes, as well as effects on σ region 1.1, are critical for transcription activation or inhibition, depending on the kinetic features of regulated promoters. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0348.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0348-v30.xml emd-0348.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0348_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0348.png | 56.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0348.cif.gz | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0348 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0348 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0348_validation.pdf.gz | 585.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0348_full_validation.pdf.gz | 584.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0348_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0348_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0348 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0348 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli sigma70-holoenzyme with TraR in conformation I
+超分子 #1: Escherichia coli sigma70-holoenzyme with TraR in conformation I
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: Protein TraR
+分子 #7: CHAPSO
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |