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- EMDB-0340: EM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0340
タイトルEM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription initiation complex
マップデータEM map of DNA wrapping in bacterial transcription initiation complex
試料
  • 複合体: E. coli RNAP-DNA wrapped open complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (94-MER)
    • DNA: DNA (94-MER)
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Florez-Ariza A / Cassago A / de Oliveira PSL / Guerra DG / Portugal RV
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Interactions of Upstream and Downstream Promoter Regions with RNA Polymerase are Energetically Coupled and a Target of Regulation in Transcription Initiation
著者: Sosa R / Florez-Ariza A / Diaz-Celis C / Onoa B / Cassago A / de Oliveira PSL / Portugal RV / Guerra DG / Bustamante C
履歴
登録2018年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2020年5月27日-
更新2020年5月27日-
現状2020年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n4c
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0340.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of DNA wrapping in bacterial transcription initiation complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.56 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.42 / ムービー #1: 0.42
最小 - 最大-6.3740783 - 14.199835
平均 (標準偏差)0.7593058400 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 320.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.563.563.56
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.400320.400320.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-6.37414.2000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli RNAP-DNA wrapped open complex

全体名称: E. coli RNAP-DNA wrapped open complex
要素
  • 複合体: E. coli RNAP-DNA wrapped open complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (94-MER)
    • DNA: DNA (94-MER)

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超分子 #1: E. coli RNAP-DNA wrapped open complex

超分子名称: E. coli RNAP-DNA wrapped open complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Wrapped transcription initiation open complex assembled between E. coli RNAP-sigma 70 holoenzyme and lambda PR wild-type promoter (+18 to -76)
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 64.322277 KDa
配列文字列: QLKLLVTRGK EQGYLTYAEV NDHLPEDIVD SDQIEDIIQM INDMGIQVME EAPDADDLML AENTADEDAA EAAAQVLSSV ESEIGRTTD PVRMYMREMG TVELLTREGE IDIAKRIEDG INQVQCSVAE YPEAITYLLE QYDRVEAEEA RLSDLITGFV D PNAENSID ...文字列:
QLKLLVTRGK EQGYLTYAEV NDHLPEDIVD SDQIEDIIQM INDMGIQVME EAPDADDLML AENTADEDAA EAAAQVLSSV ESEIGRTTD PVRMYMREMG TVELLTREGE IDIAKRIEDG INQVQCSVAE YPEAITYLLE QYDRVEAEEA RLSDLITGFV D PNAENSID PELAREKFAE LRAQYVVTRD TIKAKGRSHA TAQEEILKLS EVFKQFRLVP KQFDYLVNSM RVMMDRVRTQ ER LIMKLCV EQCKMPKKNF ITLFTGNETS DTWFNAAIAM NKPWSEKLHD VSEEVHRALQ KLQQIEEETG LTIEQVKDIN RRM SIGEAK ARRAKKEMVE ANLRLVISIA KKYTNRGLQF LDLIQEGNIG LMKAVDKFEY RRGYKFSTYA TWWIRQAITR SIAD QARTI RIPVHMIETI NKLNRISRQM LQEMGREPTP EELAERMLMP EDKIRKVLKI SMETPIGDDE DSHLGIDFIE DTTSA TTES LRAATHDVLA GLTAREAKVL RMRFGIDMNT DYTLEEVGKQ FDVTRERIRQ IEAKALRKLR HPSRSEVLRS FLDD

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 150.689672 KDa
配列文字列: VYSYTEKKRI RKDFGKRPQV LDVPYLLSIQ LDSFQKFIEQ DPEGQYGLEA AFRSVFPIQS YSGNSELQYV SYRLGEPVFD VQECQIRGV TYSAPLRVKL RLVIYEREAP EGTVKDIKEQ EVYMGEIPLM TDNGTFVING TERVIVSQLH RSPGVFFDSD K GKTHSSGK ...文字列:
VYSYTEKKRI RKDFGKRPQV LDVPYLLSIQ LDSFQKFIEQ DPEGQYGLEA AFRSVFPIQS YSGNSELQYV SYRLGEPVFD VQECQIRGV TYSAPLRVKL RLVIYEREAP EGTVKDIKEQ EVYMGEIPLM TDNGTFVING TERVIVSQLH RSPGVFFDSD K GKTHSSGK VLYNARIIPY RGSWLDFEFD PKDNLFVRID RRRKLPATII LRALNYTTEQ ILDLFFEKVI FEIRDNKLQM EL VPERLRG ETASFDIEAN GKVYVEKGRR ITARHIRQLE KDDVKLIEVP VEYIAGKVVA KDYIDESTGE LICAANMELS LDL LAKLSQ SGHKRIETLF TNDLDHGPYI SETLRVDPTN DRLSALVEIY RMMRPGEPPT REAAESLFEN LFFSEDRYDL SAVG RMKFN RSLLREEIEG SGILSKDDII DVMKKLIDIR NGKGEVDDID HLGNRRIRSV GEMAENQFRV GLVRVERAVK ERLSL GDLD TLMPQDMINA KPISAAVKEF FGSSQLSQFM DQNNPLSEIT HKRRISALGP GGLTRERAGF EVRDVHPTHY GRVCPI ETP EGPNIGLINS LSVYAQTNEY GFLETPYRKV TDGVVTDEIH YLSAIEEGNY VIAQANSNLD EEGHFVEDLV TCRSKGE SS LFSRDQVDYM DVSTQQVVSV GASLIPFLEH DDANRALMGA NMQRQAVPTL RADKPLVGTG MERAVAVDSG VTAVAKRG G VVQYVDASRI VIKVNEDEMY PGEAGIDIYN LTKYTRSNQN TCINQMPCVS LGEPVERGDV LADGPSTDLG ELALGQNMR VAFMPWNGYN FEDSILVSER VVQEDRFTTI HIQELACVSR DTKLGPEEIT ADIPNVGEAA LSKLDESGIV YIGAEVTGGD ILVGKVTPK GETQLTPEEK LLRAIFGEKA SDVKDSSLRV PNGVSGTVID VQVFTRDGVE KDKRALEIEE MQLKQAKKDL S EELQILEA GLFSRIRAVL VAGGVEAEKL DKLPRDRWLE LGLTDEEKQN QLEQLAEQYD ELKHEFEKKL EAKRRKITQG DD LAPGVLK IVKVYLAVKR RIQPGDKMAG RHGNKGVISK INPIEDMPYD ENGTPVDIVL NPLGVPSRMN IGQILETHLG MAA KGIGDK INAMLKQQQE VAKLREFIQR AYDLGADVRQ KVDLSTFSDE EVMRLAENLR KGMPIATPVF DGAKEAEIKE LLKL GDLPT SGQIRLYDGR TGEQFERPVT VGYMYMLKLN HLVDDKMHAR STGSYSLVTQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW ALEAY GAAY TLQEMLTVKS DDVNGRTKMY KNIVDGNHQM EPGMPESFNV LLKEIRSLGI NIELEDE

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 150.320219 KDa
配列文字列: EEFDAIKIAL ASPDMIRSWS FGEVKKPETI NYRTFKPERD GLFCARIFGP VKDYECLCGK YKRLKHRGVI CEKCGVEVTQ TKVRRERMG HIELASPTAH IWFLKSLPSR IGLLLDMPLR DIERVLYFES YVVIEGGMTN LERQQILTEE QYLDALEEFG D EFDAKMGA ...文字列:
EEFDAIKIAL ASPDMIRSWS FGEVKKPETI NYRTFKPERD GLFCARIFGP VKDYECLCGK YKRLKHRGVI CEKCGVEVTQ TKVRRERMG HIELASPTAH IWFLKSLPSR IGLLLDMPLR DIERVLYFES YVVIEGGMTN LERQQILTEE QYLDALEEFG D EFDAKMGA EAIQALLKSM DLEQECEQLR EELNETNSET KRKKLTKRIK LLEAFVQSGN KPEWMILTVL PVLPPDLRPL VP LDGGRFA TSDLNDLYRR VINRNNRLKR LLDLAAPDII VRNEKRMLQE AVDALLDNGR RGRAITGSNK RPLKSLADMI KGK QGRFRQ NLLGKRVDYS GRSVITVGPY LRLHQCGLPK KMALELFKPF IYGKLELRGL ATTIKAAKKM VEREEAVVWD ILDE VIREH PVLLNRAPTL HRLGIQAFEP VLIEGKAIQL HPLVCAAYNA DFDGDQMAVH VPLTLEAQLE ARALMMSTNN ILSPA NGEP IIVPSQDVVL GLYYMTRDCV NAKGMVLTGP AERLYRSGLA SLHARVKVRI TEYEKDANGE LVAKTSLKDT TVGRAI LWM IVPKGLPYSI VNQALGKKAI SKMLNTCYRI LGLKPTVIFA DQIMYTGFAY AARSGASVGI DDMVIPEKKH EIISEAE AE VAEIQEQFQS GLVTAGERYN KVIDIWAAAN DRVSKAMMDN LQTETVINRD GQEEKQVSFN SIYMMADSGA RGSAAQIR Q LAGMRGLMAK PDGSIIETPI TANFREGLNV LQYFISTHGA RKGLADTALK TANSGYLTRR LVDVAQDLVV TEDDCGTHE GIMMTPVIEG GDVKEPLRDR VLGRVTAEDV LKPGTADILV PRNTLLHEQW CDLLEENSVD AVKVRSVVSC DTDFGVCAHC YGRDLARGH IINKGEAIGV IAAQSIGEPG TQLTMRTFHI GGAASRAAAE SSIQVKNKGS IKLSNVKSVV NSSGKLVITS R NTELKLID EFGRTKESYK VPYGAVLAKG DGEQVAGGET VANWDPHTMP VITEVSGFVR FTDMIDGQTI TRQTDELTGL SS LVVLDSA ERTAGGKDLR PALKIVDAQG NDVLIPGTDM PAQYFLPGKA IVQLEDGVQI SSGDTLARIP QESGGTKDIT GGL PRVADL FEARRPKEPA ILAEISGIVS FGKETKGKRR LVITPVDGSD PYEEMIPKWR QLNVFEGERV ERGDVISDGP EAPH DILRL RGVHAVTRYI VNEVQDVYRL QGVKINDKHI EVIVRQMLRK ATIVNAGSSD FLEGEQVEYS RVKIANRELE ANGKV GATY SRDLLGITKA SLATESFISA ASFQETTRVL TEAAVAGKRD ELRGLKENVI VGRLIPAGTG YAYHQDRMRR RAAG

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 35.275273 KDa
配列文字列: TEFLKPRLVD IEQVSSTHAK VTLEPLERGF GHTLGNALRR ILLSSMPGCA VTEVEIDGVL HEYSTKEGVQ EDILEILLNL KGLAVRVQG KDEVILTLNK SGIGPVTAAD ITHDGDVEIV KPQHVICHLT DENASISMRI KVQRGRGYVP ASTRIHSEED E RPIGRLLV ...文字列:
TEFLKPRLVD IEQVSSTHAK VTLEPLERGF GHTLGNALRR ILLSSMPGCA VTEVEIDGVL HEYSTKEGVQ EDILEILLNL KGLAVRVQG KDEVILTLNK SGIGPVTAAD ITHDGDVEIV KPQHVICHLT DENASISMRI KVQRGRGYVP ASTRIHSEED E RPIGRLLV DACYSPVERI AYNVEAARVE QRTDLDKLVI EMETNGTIDP EEAIRRAATI LAEQLEAFVD LRDVRQPEVK EE KPEFDPI LLRPVDDLEL TVRSANCLKA EAIHYIGDLV QRTEVELLKT PNLGKKSLTE IKDVLASRGL SLGMRLENW

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 34.400266 KDa
配列文字列: TEFLKPRLVD IEQVSSTHAK VTLEPLERGF GHTLGNALRR ILLSSMPGCA VTEVEIDGVL HEYSTKEGVQ EDILEILLNL KGLAVRVQG KDEVILTLNK SGIGPVTAAD ITHDGDVEIV KPQHVICHLT DENASISMRI KVQRGRGYVP ASTRIHSEED E RPIGRLLV ...文字列:
TEFLKPRLVD IEQVSSTHAK VTLEPLERGF GHTLGNALRR ILLSSMPGCA VTEVEIDGVL HEYSTKEGVQ EDILEILLNL KGLAVRVQG KDEVILTLNK SGIGPVTAAD ITHDGDVEIV KPQHVICHLT DENASISMRI KVQRGRGYVP ASTRIHSEED E RPIGRLLV DACYSPVERI AYNVEAARVE QRTDLDKLVI EMETNGTIDP EEAIRRAATI LAEQLEAFVD LRDVRQPEVK EE KPEFDPI LLLPVDDLEL TVRSANCLKA EAIHYIGDLV QRTEVELLKT PNLGKKSLTE IKDVLASRGL SLG

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分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.118352 KDa
配列文字列:
ARVTVQDAVE KIGNRFDLVL VAARRARQMQ VGGKDPLVPE ENDKTTVIAL REIEEGLINN QILDVRERQE QQEQEAAELQ AVTAIAEGR R

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分子 #7: DNA (94-MER)

分子名称: DNA (94-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / 詳細: NT strand DNA (94-MER) / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 29.094617 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DA) ...文字列:
(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT) (DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)

-
分子 #8: DNA (94-MER)

分子名称: DNA (94-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / 詳細: T strand DNA (94-MER) / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage lambda (λファージ)
分子量理論値: 28.890529 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using a 2% uranyl acetate solution.
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 60393
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMAGIC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 1/2 BIT CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 16015
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: IMAGIC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: IMAGIC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4yln

詳細Initial fiting was done using manual fitting in Chimera. Yasara software was used for energy minimizaton of the DNA and RNAP coordinates model.
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6n4c:
EM structure of the DNA wrapping in bacterial open transcription initiation complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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