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- EMDB-0337: MicroED Structure of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0337
タイトルMicroED Structure of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat.
マップデータMicroED map of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat.
試料
  • 複合体: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat
    • タンパク質・ペプチド: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
キーワードBevirimat / HIV-1 Gag / MicroED / Immature Hexagonal Lattice / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex ...Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral process / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / viral capsid / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Purdy MD / Shi D
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM066087 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 GM128507 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: MicroED structures of HIV-1 Gag CTD-SP1 reveal binding interactions with the maturation inhibitor bevirimat.
著者: Michael D Purdy / Dan Shi / Jakub Chrustowicz / Johan Hattne / Tamir Gonen / Mark Yeager /
要旨: HIV-1 protease (PR) cleavage of the Gag polyprotein triggers the assembly of mature, infectious particles. Final cleavage of Gag occurs at the junction helix between the capsid protein CA and the SP1 ...HIV-1 protease (PR) cleavage of the Gag polyprotein triggers the assembly of mature, infectious particles. Final cleavage of Gag occurs at the junction helix between the capsid protein CA and the SP1 spacer peptide. Here we used MicroED to delineate the binding interactions of the maturation inhibitor bevirimat (BVM) using very thin frozen-hydrated, 3D microcrystals of a CTD-SP1 Gag construct with and without bound BVM. The 2.9-Å MicroED structure revealed that a single BVM molecule stabilizes the six-helix bundle via both electrostatic interactions with the dimethylsuccinyl moiety and hydrophobic interactions with the pentacyclic triterpenoid ring. These results provide insight into the mechanism of action of BVM and related maturation inhibitors that will inform further drug discovery efforts. This study also demonstrates the capabilities of MicroED for structure-based drug design.
履歴
登録2018年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2018年12月12日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0337.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 402.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MicroED map of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.19 Å/pix.
x 528 pix.
= 100.478 Å		0.19 Å/pix.
x 514 pix.
= 97.814 Å		0.19 Å/pix.
x 389 pix.
= 74.027 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.1903 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3 / ムービー #1: 1.3
最小 - 最大-4.809102 - 7.1038866
平均 (標準偏差)-0.0016254015 (±0.9474982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-266-98-153
サイズ514389528
Spacing528514389
セルA: 100.4784 Å / B: 97.8142 Å / C: 74.0267 Å
α: 90.0 ° / β: 95.042 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.190299242424240.190299610894940.19030077120823
M x/y/z528514389
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z100.47897.81474.027
α/β/γ90.00095.04290.000
start NX/NY/NZ-153-266-98
NX/NY/NZ528514389
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-98-266-153
NC/NR/NS389514528
D min/max/mean-4.8097.104-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bev...

全体名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat
要素
  • 複合体: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat
    • タンパク質・ペプチド: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag

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超分子 #1: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bev...

超分子名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3
分子量理論値: 12.17387 KDa

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分子 #1: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag

分子名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 12.192895 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HMHHHHHHGG SPTSILDIRQ GPKEPFRDYV DRFYKTLRAE QASQEVKNWM TETLLVQNAN PDCKTILKAL GPGATLEEMM TACQGVGGP GHKARVLAEA MSQVTNTATI M

UniProtKB: Gag protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称式
0.1 MBis-Tris Propane
1.1 MLithium sulfateLiSO4
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 30 seconds each side
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細10 microliters of 0.8 mg/ml protein was mixed with 10 microliters of a solution of 0.64 mM Bevirimat in DMSO/water.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 0.05 e/Å2
詳細: Data from 5 crystals was merged for structure determination.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 2000 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Molecular replacementソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. dev-2747)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 98015 / Number structure factors: 13021 / Fourier space coverage: 83.4 / R sym: 0.544 / R merge: 0.509 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 1 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 2.9 Å
殻:
Shell IDHigh resolutionLow resolutionNumber structure factorsPhase residualFourier space coverageMultiplicity
12.9 Å19.9 Å116351.083.4000000000000067.5
22.9 Å3.0 Å11371.082.2999999999999977.5

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5i4t


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 52.6
得られたモデル

PDB-6n3u:
MicroED Structure of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag with bound maturation inhibitor Bevirimat.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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