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- EMDB-0291: Immature MLV capsid hexamer structure in intact virus particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0291
タイトルImmature MLV capsid hexamer structure in intact virus particles
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Putative gag polyprotein
キーワードMLV / capsid / hexamer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion assembly / viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal ...Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Putative gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Qu K / Glass B
資金援助 ドイツ, 英国, チェコ, 9件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationBR 3635/2-1 ドイツ
German Research FoundationKR 906/7-1 ドイツ
German Research FoundationKR 906/8-1 ドイツ
European Research CouncilERC-CoG-648432 ドイツ
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
Czech Science Foundation17-25602S チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LO1302 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LO1304 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LO1601 チェコ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure and architecture of immature and mature murine leukemia virus capsids.
著者: Kun Qu / Bärbel Glass / Michal Doležal / Florian K M Schur / Brice Murciano / Alan Rein / Michaela Rumlová / Tomáš Ruml / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Retroviruses assemble and bud from infected cells in an immature form and require proteolytic maturation for infectivity. The CA (capsid) domains of the Gag polyproteins assemble a protein lattice as ...Retroviruses assemble and bud from infected cells in an immature form and require proteolytic maturation for infectivity. The CA (capsid) domains of the Gag polyproteins assemble a protein lattice as a truncated sphere in the immature virion. Proteolytic cleavage of Gag induces dramatic structural rearrangements; a subset of cleaved CA subsequently assembles into the mature core, whose architecture varies among retroviruses. Murine leukemia virus (MLV) is the prototypical γ-retrovirus and serves as the basis of retroviral vectors, but the structure of the MLV CA layer is unknown. Here we have combined X-ray crystallography with cryoelectron tomography to determine the structures of immature and mature MLV CA layers within authentic viral particles. This reveals the structural changes associated with maturation, and, by comparison with HIV-1, uncovers conserved and variable features. In contrast to HIV-1, most MLV CA is used for assembly of the mature core, which adopts variable, multilayered morphologies and does not form a closed structure. Unlike in HIV-1, there is similarity between protein-protein interfaces in the immature MLV CA layer and those in the mature CA layer, and structural maturation of MLV could be achieved through domain rotations that largely maintain hexameric interactions. Nevertheless, the dramatic architectural change on maturation indicates that extensive disassembly and reassembly are required for mature core growth. The core morphology suggests that wrapping of the genome in CA sheets may be sufficient to protect the MLV ribonucleoprotein during cell entry.
履歴
登録2018年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月5日-
マップ公開2018年12月5日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hww
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6hww
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0291.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0291.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 259.2 Å		1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 259.2 Å		1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125 / ムービー #1: 0.125
最小 - 最大-0.2577269 - 0.5433687
平均 (標準偏差)0.0013030871 (±0.050069544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z259.200259.200259.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2580.5430.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine leukemia virus

全体名称: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
要素
  • ウイルス: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Putative gag polyprotein

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超分子 #1: Murine leukemia virus

超分子名称: Murine leukemia virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11786 / 生物種: Murine leukemia virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Putative gag polyprotein

分子名称: Putative gag polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)
分子量理論値: 25.418297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSSDLYNWKN NNPSFSEDPG KLTALIESVL TTHQPTWDDC QQLLGTLLTG EEKQRVLLEA RKAVRGNDGR PTQLPNEVDA AFPLERPDW DYTTQRGRNH LVLYRQLLLA GMQNAGRSPT NLAKVKGITQ GPNESPSAFL ERLKEAYRRY TPYDPEDPGQ E TNVSMSFI ...文字列:
SSSDLYNWKN NNPSFSEDPG KLTALIESVL TTHQPTWDDC QQLLGTLLTG EEKQRVLLEA RKAVRGNDGR PTQLPNEVDA AFPLERPDW DYTTQRGRNH LVLYRQLLLA GMQNAGRSPT NLAKVKGITQ GPNESPSAFL ERLKEAYRRY TPYDPEDPGQ E TNVSMSFI WQSAPDIGRK LERLEDLKSK TLGDLVREAE KIFNKRETPE EREERIRRET EEK

UniProtKB: Putative gag polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Purified virus solution was inactivated and diluted 1:1 with PBS containing 10 nm colloidal gold.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM) / 使用したサブトモグラム数: 23141
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 23141
ソフトウェア:
名称詳細
AmiraFPMVolume selection
MATLABVolume extraction
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM) / 詳細: Subtomogram Averaging.

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1u7k

chain_id: A, residue_range: 16-131, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6gza

chain_id: A, residue_range: 1-87, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6hww:
Immature MLV capsid hexamer structure in intact virus particles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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