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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0266 | |||||||||
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タイトル | Type VI membrane complex | |||||||||
マップデータ | C1 unsharpened map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Rapisarda C / Fronzes R | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2019 タイトル: and high-resolution cryo-EM structure of a bacterial type VI secretion system membrane complex. 著者: Chiara Rapisarda / Yassine Cherrak / Romain Kooger / Victoria Schmidt / Riccardo Pellarin / Laureen Logger / Eric Cascales / Martin Pilhofer / Eric Durand / Rémi Fronzes / 要旨: Bacteria have evolved macromolecular machineries that secrete effectors and toxins to survive and thrive in diverse environments. The type VI secretion system (T6SS) is a contractile machine that is ...Bacteria have evolved macromolecular machineries that secrete effectors and toxins to survive and thrive in diverse environments. The type VI secretion system (T6SS) is a contractile machine that is related to phages. It is composed of a phage tail-like structure inserted in the bacterial cell envelope by a membrane complex (MC) comprising the TssJ, TssL and TssM proteins. We previously reported the low-resolution negative-stain electron microscopy structure of the enteroaggregative MC and proposed a rotational 5-fold symmetry with a TssJ:TssL:TssM stoichiometry of 2:2:2. Here, cryo-electron tomography analyses of the T6SS MC confirm the 5-fold symmetry and identify the regions of the structure that insert into the bacterial membranes. A high-resolution model obtained by single-particle cryo-electron microscopy highlights new features: five additional copies of TssJ, yielding a TssJ:TssL:TssM stoichiometry of 3:2:2, an 11-residue loop in TssM, protruding inside the lumen of the MC and constituting a functionally important periplasmic gate, and hinge regions. Based on these data, we propose an updated model on MC structure and dynamics during T6SS assembly and function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0266.map.gz | 380.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0266-v30.xml emd-0266.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0266.png | 58.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0266 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0266_validation.pdf.gz | 252.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0266_full_validation.pdf.gz | 251.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0266_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C1 unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Membrane complex of the type VI secretion system (TssM and TssJ)
全体 | 名称: Membrane complex of the type VI secretion system (TssM and TssJ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Membrane complex of the type VI secretion system (TssM and TssJ)
超分子 | 名称: Membrane complex of the type VI secretion system (TssM and TssJ) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 120.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 0.003 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.002 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0005 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 36828 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |