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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0212 | |||||||||
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タイトル | PAN-proteasome in state 1 | |||||||||
![]() | Pseudo-single capped PAN-proteasome in state 1 | |||||||||
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![]() | PAN / Proteasome / AAA-ATPase / Archaea / hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome-activating nucleotidase complex / cytosolic proteasome complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity ...proteasome-activating nucleotidase complex / cytosolic proteasome complex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / protein unfolding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.86 Å | |||||||||
![]() | Majumder P / Rudack T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of the archaeal PAN-proteasome reveal an around-the-ring ATPase cycle. 著者: Parijat Majumder / Till Rudack / Florian Beck / Radostin Danev / Günter Pfeifer / István Nagy / Wolfgang Baumeister / ![]() 要旨: Proteasomes occur in all three domains of life, and are the principal molecular machines for the regulated degradation of intracellular proteins. They play key roles in the maintenance of protein ...Proteasomes occur in all three domains of life, and are the principal molecular machines for the regulated degradation of intracellular proteins. They play key roles in the maintenance of protein homeostasis, and control vital cellular processes. While the eukaryotic 26S proteasome is extensively characterized, its putative evolutionary precursor, the archaeal proteasome, remains poorly understood. The primordial archaeal proteasome consists of a 20S proteolytic core particle (CP), and an AAA-ATPase module. This minimal complex degrades protein unassisted by non-ATPase subunits that are present in a 26S proteasome regulatory particle (RP). Using cryo-EM single-particle analysis, we determined structures of the archaeal CP in complex with the AAA-ATPase PAN (proteasome-activating nucleotidase). Five conformational states were identified, elucidating the functional cycle of PAN, and its interaction with the CP. Coexisting nucleotide states, and correlated intersubunit signaling features, coordinate rotation of the PAN-ATPase staircase, and allosterically regulate N-domain motions and CP gate opening. These findings reveal the structural basis for a sequential around-the-ring ATPase cycle, which is likely conserved in AAA-ATPases. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() | 1.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 207.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 206.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6he8MC ![]() 0209C ![]() 0210C ![]() 0211C ![]() 0213C ![]() 0214C ![]() 0215C ![]() 0216C ![]() 6he4C ![]() 6he5C ![]() 6he7C ![]() 6he9C ![]() 6heaC ![]() 6hecC ![]() 6hedC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Pseudo-single capped PAN-proteasome in state 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: AAAob of PAN-proteasome in state 1
ファイル | emd_0212_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | AAAob of PAN-proteasome in state 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : PAN-proteasome
全体 | 名称: PAN-proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: PAN-proteasome
超分子 | 名称: PAN-proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.25 MDa |
-超分子 #2: 20S-proteasome
超分子 | 名称: 20S-proteasome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Proteasome-activating nucleotidase (PAN)
超分子 | 名称: Proteasome-activating nucleotidase (PAN) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Proteasome subunit alpha
分子 | 名称: Proteasome subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 |
分子量 | 理論値: 27.15616 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QMGYDRAITV FSPDGRLFQV EYAREAVKRG ATAIGIKCKE GVILIADKRV GSKLLEADTI EKIYKIDEHI CAATSGLVAD ARVLIDRAR IEAQINRLTY DEPITVKELA KKICDFKQQY TQYGGVRPFG VSLLIAGVDE VPKLYETDPS GALLEYKATA I GMGRNAVT ...文字列: QMGYDRAITV FSPDGRLFQV EYAREAVKRG ATAIGIKCKE GVILIADKRV GSKLLEADTI EKIYKIDEHI CAATSGLVAD ARVLIDRAR IEAQINRLTY DEPITVKELA KKICDFKQQY TQYGGVRPFG VSLLIAGVDE VPKLYETDPS GALLEYKATA I GMGRNAVT EFFEKEYRDD LSFDDAMVLG LVAMGLSIES ELVPENIEVG YVKVDDRTFK EVSPEELKPY VERANERIRE LL KK UniProtKB: Proteasome subunit alpha |
-分子 #2: Proteasome subunit beta
分子 | 名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 |
分子量 | 理論値: 22.132283 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TTTVGLVCKD GVVMATEKRA TMGNFIASKA AKKIYQIADR MAMTTAGSVG DAQFLARIIK IEANLYEIRR ERKPTVRAIA TLTSNLLNS YRYFPYLVQL LIGGIDSEGK SIYSIDPIGG AIEEKDIVAT GSGSLTAYGV LEDRFTPEIG VDEAVELAVR A IYSAMKRD ...文字列: TTTVGLVCKD GVVMATEKRA TMGNFIASKA AKKIYQIADR MAMTTAGSVG DAQFLARIIK IEANLYEIRR ERKPTVRAIA TLTSNLLNS YRYFPYLVQL LIGGIDSEGK SIYSIDPIGG AIEEKDIVAT GSGSLTAYGV LEDRFTPEIG VDEAVELAVR A IYSAMKRD SASGDGIDVV KITEDEFYQY SPEEVEQILA KFRK UniProtKB: Proteasome subunit beta |
-分子 #3: Proteasome-activating nucleotidase
分子 | 名称: Proteasome-activating nucleotidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 |
分子量 | 理論値: 44.102977 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: LLEKLKKLEE DYYKLRELYR RLEDEKKFIE SERIRYEREV RRLRSEVERL RSPPLLVGVV SDILEDGRVV VKSSTGPKFV VNTSQYINE EELKPGARVA LNQQTLAIVN VLPTSKDPMV YGFEVEEKPE VSYEDIGGLD VQIEEIREAV ELPLLKPELF A EVGIEPPK ...文字列: LLEKLKKLEE DYYKLRELYR RLEDEKKFIE SERIRYEREV RRLRSEVERL RSPPLLVGVV SDILEDGRVV VKSSTGPKFV VNTSQYINE EELKPGARVA LNQQTLAIVN VLPTSKDPMV YGFEVEEKPE VSYEDIGGLD VQIEEIREAV ELPLLKPELF A EVGIEPPK GVLLYGPPGT GKTLLAKAVA NQTRATFIRV VGSEFVQKYI GEGARLVREV FQLAKEKAPS IIFIDELDAI AA RRTNSDT SGDREVQRTM MQLLAELDGF DPRGDVKVIG ATNRIDILDP AILRPGRFDR IIEVPLPTFE GRIQIFKIHT RKM KLAEDV DFKELARITE GASGADIKAI CTEAGMFAIR EERAKVTMLD FTKAIEKVLK KTTPIPDLKG VMFV UniProtKB: Proteasome-activating nucleotidase |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.1 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 38230 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6he8: |