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万見
- EMDB-0193: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0193
タイトルKlebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.
マップデータMasked sharpened map
試料
  • 複合体: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.
    • タンパク質・ペプチド: Type II secretion system protein D
    • タンパク質・ペプチド: Pullulanase
    • タンパク質・ペプチド: Pectic enzymes secretion protein OutC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / intracellular protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspC / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / Type II secretion system protein GspD / : ...Type II secretion system protein GspC / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS / Chaperone lipoprotein, PulS/OutS-like / PulS/OutS-like superfamily / Type II secretion system pilotin lipoprotein (PulS_OutS) / Bacterial type II secretion system protein C signature. / Type II secretion system protein GspC, N-terminal / Type II secretion system protein C / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General secretion pathway protein C / Pullulanase D protein / Pullulanase-specific type II secretion system component C / Pullulanase secretion protein PulS / General secretion pathway protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chernyatina AA / Low HH
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200074/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Core architecture of a bacterial type II secretion system.
著者: Anastasia A Chernyatina / Harry H Low /
要旨: Bacterial type II secretion systems (T2SSs) translocate virulence factors, toxins and enzymes across the cell outer membrane. Here we use negative stain and cryo-electron microscopy to reveal the ...Bacterial type II secretion systems (T2SSs) translocate virulence factors, toxins and enzymes across the cell outer membrane. Here we use negative stain and cryo-electron microscopy to reveal the core architecture of an assembled T2SS from the pathogen Klebsiella pneumoniae. We show that 7 proteins form a ~2.4 MDa complex that spans the cell envelope. The outer membrane complex includes the secretin PulD, with all domains modelled, and the pilotin PulS. The inner membrane assembly platform components PulC, PulE, PulL, PulM and PulN have a relative stoichiometric ratio of 2:1:1:1:1. The PulE ATPase, PulL and PulM combine to form a flexible hexameric hub. Symmetry mismatch between the outer membrane complex and assembly platform is overcome by PulC linkers spanning the periplasm, with PulC HR domains binding independently at the secretin base. Our results show that the T2SS has a highly dynamic modular architecture, with implication for pseudo-pilus assembly and substrate loading.
履歴
登録2018年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年11月27日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hcg
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0193.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0193.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 230 pix.
= 409.4 Å		1.78 Å/pix.
x 230 pix.
= 409.4 Å		1.78 Å/pix.
x 230 pix.
= 409.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.3 / ムービー #1: 4.3
最小 - 最大-13.503257 - 23.618986
平均 (標準偏差)0.124008186 (±0.8839676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 409.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z230230230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z409.400409.400409.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230230230
D min/max/mean-13.50323.6190.124

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添付データ

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_0193_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_0193_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane com...

全体名称: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.
要素
  • 複合体: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.
    • タンパク質・ペプチド: Type II secretion system protein D
    • タンパク質・ペプチド: Pullulanase
    • タンパク質・ペプチド: Pectic enzymes secretion protein OutC

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超分子 #1: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane com...

超分子名称: Klebsiella pneumoniae type II secretion system outer membrane complex. PulD, PulS and PulC HR domain.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Type II secretion system protein D

分子名称: Type II secretion system protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 70.328633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKSLRKMLPA LLILTPLLFS PAAAEEFSAS FKGTDIQEFI NTVSKNLNKT VIIDPSVRGT ITVRSYDMLN EEQYYQFFLS VLDVYGFAV INMNNGVLKV VRAKDAKTSA VPVASAAAPG EGDEVVTRVV PLTNVAARDL APLLRQLNDN AGAGSVVHYE P SNVLLMTG ...文字列:
MKSLRKMLPA LLILTPLLFS PAAAEEFSAS FKGTDIQEFI NTVSKNLNKT VIIDPSVRGT ITVRSYDMLN EEQYYQFFLS VLDVYGFAV INMNNGVLKV VRAKDAKTSA VPVASAAAPG EGDEVVTRVV PLTNVAARDL APLLRQLNDN AGAGSVVHYE P SNVLLMTG RAAVIKRLLT IVERVDNAGD RSVVTVPLSW ASAAEVVKLV TELNKDTSKS ALPGSMVANV VADERTNAVL VS GEPNSRQ RIIAMIKQLD RQQAVQGNTK VIYLKYAKAA DLVEVLTGIS SSLQSDKQSA RPVAAIDKNI IIKAHGQTNA LIV TAAPDV MNDLERVIAQ LDIRRPQVLV EAIIAEVQDA DGLNLGIQWA NKNAGMTQFT NSGLPISTAI AGANQYNKDG TISS SLASA LGSFNGIAAG FYQGNWAMLL TALSSSTKND ILATPSIVTL DNMQATFNVG QEVPVLTGSQ TTSGDNIFNT VERKT VGIK LKVKPQINEG DAVLLEIEQE VSSVADSASS TSSDLGATFN TRTVNNAVLV GSGETVVVGG LLDKTVTDTA DKVPLL GDI PVIGALFRSD SKKVSKRNLM LFIRPTIIRD RDEYRQASSG QYTAFNNAQT KQRGKESSEA SLSNDLLHIY PQQETQA FR QVSAAIDAFN LGGRP

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分子 #2: Pullulanase

分子名称: Pullulanase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 15.872848 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIHYFDYSMM RIPLIFPLCM VALLSGCQQK PASTLSPAIS SQAQLEQLSS VAAGTRYLKN KCNRSDLPAD ETIYRAAVNV GKARGWGNI DVATLSQNSD RLYQQLLQDS TPEATQCSQF NRQLAPFIAS LRSDGSDYKD DDDK

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分子 #3: Pectic enzymes secretion protein OutC

分子名称: Pectic enzymes secretion protein OutC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 30.245924 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPVSVMRLTN INKGIIKLLP QIVTLIILIT AIPQLAKLTW RVVFPVSPED ISALPLTMPP AADPELKNVR PAFTLFGLAV KNSPTPTDA ASLNQVPVSS LKLRLAGLLA SSNPARSIAI IEKGNQQVSL STGDPLPGYD ARIAAILPDR IIVNYQGRKE A ILLFNDSR ...文字列:
MPVSVMRLTN INKGIIKLLP QIVTLIILIT AIPQLAKLTW RVVFPVSPED ISALPLTMPP AADPELKNVR PAFTLFGLAV KNSPTPTDA ASLNQVPVSS LKLRLAGLLA SSNPARSIAI IEKGNQQVSL STGDPLPGYD ARIAAILPDR IIVNYQGRKE A ILLFNDSR APSPPPTAAG NPPLVKRLRE QPQNILTYLS ISPVLSGDKL LGYRLNPGKD ASLFRQSGLQ ANDLAIALNG ID LRDQEQA QQALQNLADM TEITLTVERE GQRHDIAFAL GDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1763

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C15 (15回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 7284
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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