+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0135 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Electron cryo-microscopy of the Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex | |||||||||
マップデータ | The "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex (PFC) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Bacterial Type VI effector complex / T6SS chaperone-effector complex / Tse6-loaded VgrG1 complex / NAD(P)+ Glycohydrolase / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Quentin D / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018 タイトル: Mechanism of loading and translocation of type VI secretion system effector Tse6. 著者: Dennis Quentin / Shehryar Ahmad / Premy Shanthamoorthy / Joseph D Mougous / John C Whitney / Stefan Raunser / 要旨: The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular ...The type VI secretion system (T6SS) primarily functions to mediate antagonistic interactions between contacting bacterial cells, but also mediates interactions with eukaryotic hosts. This molecular machine secretes antibacterial effector proteins by undergoing cycles of extension and contraction; however, how effectors are loaded into the T6SS and subsequently delivered to target bacteria remains poorly understood. Here, using electron cryomicroscopy, we analysed the structures of the Pseudomonas aeruginosa effector Tse6 loaded onto the T6SS spike protein VgrG1 in solution and embedded in lipid nanodiscs. In the absence of membranes, Tse6 stability requires the chaperone EagT6, two dimers of which interact with the hydrophobic transmembrane domains of Tse6. EagT6 is not directly involved in Tse6 delivery but is crucial for its loading onto VgrG1. VgrG1-loaded Tse6 spontaneously enters membranes and its toxin domain translocates across a lipid bilayer, indicating that effector delivery by the T6SS does not require puncturing of the target cell inner membrane by VgrG1. Eag chaperone family members from diverse Proteobacteria are often encoded adjacent to putative toxins with predicted transmembrane domains and we therefore anticipate that our findings will be generalizable to numerous T6SS-exported membrane-associated effectors. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0135.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-0135-v30.xml emd-0135.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0135.png | 57.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0135.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0135 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0135 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | The "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex (PFC) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
全体 | 名称: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex
超分子 | 名称: Type VI secretion "pre-firing" VgrG1-Tse6-EagT6-EF-Tu-Tsi6 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The type VI "pre-firing" complex consists of a single copy of Tse6, EF-Tu, Tsi6 and trimeric VgrG1 as well as two copies of dimeric EagT6. |
---|---|
分子量 | 理論値: 43 KDa |
-超分子 #2: Valine-glycine repeat protein 1
超分子 | 名称: Valine-glycine repeat protein 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: VgrG1 forms a trimer - UniProt Identifier: Q9I741 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
-超分子 #3: Type VI secretion exported 6
超分子 | 名称: Type VI secretion exported 6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: Tse6 - UniProt identifier: Q9I739 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
-超分子 #4: Type VI secretion immunity 6
超分子 | 名称: Type VI secretion immunity 6 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 詳細: Tsi6 - UniProt identifier: Q9I740 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
-超分子 #5: Effector associated gene with tse6
超分子 | 名称: Effector associated gene with tse6 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 詳細: EagT6 forms dimers - UniProt identifier: Q9I738. Two dimers are present in the EM map. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
-超分子 #6: Elongation factor Tu 1
超分子 | 名称: Elongation factor Tu 1 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 詳細: EF-Tu - UniProt identifier: P0CE47 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
-分子 #1: VgrG1
分子 | 名称: VgrG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 72.098375 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQLTRLVQVD CPLGPDVLLL QRMEGREELG RLFAYELHLV SENPNLPLEQ LLGKPMSLSL ELPGGSRRFF HGIVARCSQV AGHGQFAGY QATLRPWPWL LTRTSDCRIF QNQSVPEIIK QVFRNLGFSD FEDALTRPYR EWEYCVQYRE TSFDFISRLM E QEGIYYWF ...文字列: MQLTRLVQVD CPLGPDVLLL QRMEGREELG RLFAYELHLV SENPNLPLEQ LLGKPMSLSL ELPGGSRRFF HGIVARCSQV AGHGQFAGY QATLRPWPWL LTRTSDCRIF QNQSVPEIIK QVFRNLGFSD FEDALTRPYR EWEYCVQYRE TSFDFISRLM E QEGIYYWF RHEQKRHILV LSDAYGAHRS PGGYASVPYY PPTLGHRERD HFFDWQMARE VQPGSLTLND YDFQRPGARL EV RSNIARP HAAADYPLYD YPGEYVQSQD GEQYARNRIE AIQAQHERVR LRGVVRGIGA GHLFRLSGYP RDDQNREYLV VGA EYRVVQ ELYETGSGGA GSQFESELDC IDASQSFRLL PQTPVPVVRG PQTAVVVGPK GEEIWTDQYG RVKVHFHWDR HDQS NENSS CWIRVSQAWA GKNWGSMQIP RIGQEVIVSF LEGDPDRPII TGRVYNAEQT VPYELPANAT QSGMKSRSSK GGTPA NFNE IRMEDKKGAE QLYIHAERNQ DNLVENDASL SVGHDRNKSI GHDELARIGN NRTRAVKLND TLLVGGAKSD SVTGTY LIE AGAQIRLVCG KSVVEFNADG TINISGSAFN LYASGNGNID TGGRLDLNSG GASEVDAKGK GVQGTIDGQV QAMFPPP AK G UniProtKB: Type VI secretion system spike protein VgrG1a |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.015 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrected microscope |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 11642 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: meridien / 使用した粒子像数: 55000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |