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タイトルOmicron-specific ultra-potent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies targeting the N1/N2 loop of Spike N-terminal domain.
ジャーナル・号・ページEmerg Microbes Infect, Vol. 13, Issue 1, Page 2412990, Year 2024
掲載日2024年10月28日
著者Xiao Niu / Zhiqiang Li / Jing Wang / Fanchong Jian / Yuanling Yu / Weiliang Song / Ayijiang Yisimayi / Shuo Du / Zhiying Zhang / Qianran Wang / Jing Wang / Ran An / Yao Wang / Peng Wang / Haiyan Sun / Lingling Yu / Sijie Yang / Tianhe Xiao / Qingqing Gu / Fei Shao / Youchun Wang / Junyu Xiao / Yunlong Cao /
PubMed 要旨A multitude of functional mutations continue to emerge on the N-terminal domain (NTD) of the spike protein in SARS-CoV-2 Omicron subvariants. Understanding the immunogenicity of Omicron NTD and the ...A multitude of functional mutations continue to emerge on the N-terminal domain (NTD) of the spike protein in SARS-CoV-2 Omicron subvariants. Understanding the immunogenicity of Omicron NTD and the properties of antibodies elicited by it is crucial for comprehending the impact of NTD mutations on viral fitness and guiding vaccine design. In this study, we find that most of NTD-targeting antibodies isolated from individuals with BA.5/BF.7 breakthrough infection (BTI) are ancestral (wild-type or WT)-reactive and non-neutralizing. Surprisingly, we identified five ultra-potent neutralizing antibodies (NAbs) that can only bind to Omicron but not WT NTD. Structural analysis revealed that they bind to a unique epitope on the N1/N2 loop of NTD and interact with the receptor-binding domain (RBD) via the light chain. These Omicron-specific NAbs achieve neutralization through ACE2 competition and blockage of ACE2-mediated S1 shedding. However, BA.2.86 and BA.2.87.1, which carry insertions or deletions on the N1/N2 loop, can evade these antibodies. Together, we provided a detailed map of the NTD-targeting antibody repertoire in the post-Omicron era, demonstrating their vulnerability to NTD mutations enabled by its evolutionary flexibility, despite their potent neutralization. These results revealed the function of the indels in the NTD of BA.2.86/JN.1 sublineage in evading neutralizing antibodies and highlighted the importance of considering the immunogenicity of NTD in vaccine design.
リンクEmerg Microbes Infect / PubMed:39361729 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.77 Å
構造データ

66856

9xgo

EMDB-66856, PDB-9xgo:
Omicron-specific ultra-potent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies targeting the N1/N2 loop of Spike N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2; N-terminal domain; antibodies; N1/N2 loop; ACE2 competition / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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