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Structure paper

タイトルStructural basis for the catalytic mechanism of human lipid phosphate phosphatases.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Year 2026
掲載日2026年1月9日
著者Meng Yang / Chunping Sun / Yonglin He / Hongwu Qian /
PubMed 要旨Lipid phosphate phosphatases (LPPs) catalyze the dephosphorylation of a broad range of bioactive lipid phosphates, including lysophosphatidic acid and sphingosine-1-phosphate, playing essential roles ...Lipid phosphate phosphatases (LPPs) catalyze the dephosphorylation of a broad range of bioactive lipid phosphates, including lysophosphatidic acid and sphingosine-1-phosphate, playing essential roles in embryonic vasculogenesis, cell differentiation and inflammation. Here we present the cryo-electron microscopic structure of human LPP1 as a tetramer with C4 symmetry. We capture the phosphohistidine intermediate state by using vanadate as a phosphate analog, where vanadate is coordinated by positively charged residues from three conserved motifs (C1, C2 and C3). Structural investigations of LPP1 variants with mutations in two catalytic histidine residues confirm that the histidine in the C2 motif facilitates phosphate bond cleavage. Enzymatic assays validate our structural observations. Additionally, a phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP) molecule was discovered in the LPP1 structure, underscoring a potential regulatory role for PIP in the catalytic activity of LPP1.
リンクNat Chem Biol / PubMed:41513850
手法EM (単粒子)
解像度2.28 - 2.83 Å
構造データ

62715

9l0i

EMDB-62715, PDB-9l0i:
Cryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

62720

9l0o

EMDB-62720, PDB-9l0o:
Cryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1 complexed with LPA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

62722

9l0s

EMDB-62722, PDB-9l0s:
Cryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1 complexed with VO4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

62723

9l0u

EMDB-62723, PDB-9l0u:
Cryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1 complexed with PO4.MAG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.28 Å

65153

9vl3

EMDB-65153, PDB-9vl3:
Cryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1 complexed with PO4 in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

化合物

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

ChemComp-PT5:
[(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho / リン脂質*YM

ChemComp-NKO:
(2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl hexadecanoate / 1-O-パルミトイル-L-グリセロ-ル3-りん酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-VO4:
VANADATE ION

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

ChemComp-ZP7:
(2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / 1-O-パルミトイル-L-グリセロ-ル

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / phosphatase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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