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- EMDB-65153: Cryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1 complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65153
タイトルCryo-EM structure of human lipid phosphate phosphatase 1 complexed with PO4 in nanodiscs
マップデータ
試料
  • 複合体: Phospholipid phosphatase 1
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid phosphatase 1
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードphosphatase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


2-lysophosphatidate phosphatase / sphingosine-1-phosphate phosphatase activity / ceramide-1-phosphate phosphatase activity / diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / Sphingolipid catabolism / phosphatidate phosphatase activity / sphingosine metabolic process / ceramide metabolic process ...2-lysophosphatidate phosphatase / sphingosine-1-phosphate phosphatase activity / ceramide-1-phosphate phosphatase activity / diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / Sphingolipid catabolism / phosphatidate phosphatase activity / sphingosine metabolic process / ceramide metabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / lysophosphatidic acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / sphingolipid catabolic process / androgen receptor signaling pathway / regulation of lipid metabolic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / phospholipid metabolic process / caveola / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidate (PA) phosphatase-related / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Yang M / Qian HW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of human lipid phosphate phosphatases.
著者: Meng Yang / Chunping Sun / Yonglin He / Hongwu Qian /
要旨: Lipid phosphate phosphatases (LPPs) catalyze the dephosphorylation of a broad range of bioactive lipid phosphates, including lysophosphatidic acid and sphingosine-1-phosphate, playing essential roles ...Lipid phosphate phosphatases (LPPs) catalyze the dephosphorylation of a broad range of bioactive lipid phosphates, including lysophosphatidic acid and sphingosine-1-phosphate, playing essential roles in embryonic vasculogenesis, cell differentiation and inflammation. Here we present the cryo-electron microscopic structure of human LPP1 as a tetramer with C4 symmetry. We capture the phosphohistidine intermediate state by using vanadate as a phosphate analog, where vanadate is coordinated by positively charged residues from three conserved motifs (C1, C2 and C3). Structural investigations of LPP1 variants with mutations in two catalytic histidine residues confirm that the histidine in the C2 motif facilitates phosphate bond cleavage. Enzymatic assays validate our structural observations. Additionally, a phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP) molecule was discovered in the LPP1 structure, underscoring a potential regulatory role for PIP in the catalytic activity of LPP1.
履歴
登録2025年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.277
最小 - 最大-0.75033736 - 1.1309681
平均 (標準偏差)0.0028188822 (±0.039851416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65153_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65153_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phospholipid phosphatase 1

全体名称: Phospholipid phosphatase 1
要素
  • 複合体: Phospholipid phosphatase 1
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid phosphatase 1
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Phospholipid phosphatase 1

超分子名称: Phospholipid phosphatase 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.2 kDa/nm

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分子 #1: Phospholipid phosphatase 1

分子名称: Phospholipid phosphatase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.125965 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFDKTRLPYV ALDVLCVLLA GLPFAILTSR HTPFQRGVFC NDESIKYPYK EDTIPYALLG GIIIPFSIIV IILGETLSVY CNLLHSNSF IRNNYIATIY KAIGTFLFGA AASQSLTDIA KYSIGRLRPH FLDVCDPDWS KINCSDGYIE YYICRGNAER V KEGRLSFY ...文字列:
MFDKTRLPYV ALDVLCVLLA GLPFAILTSR HTPFQRGVFC NDESIKYPYK EDTIPYALLG GIIIPFSIIV IILGETLSVY CNLLHSNSF IRNNYIATIY KAIGTFLFGA AASQSLTDIA KYSIGRLRPH FLDVCDPDWS KINCSDGYIE YYICRGNAER V KEGRLSFY SGHSSFSMYC MLFVALYLQA RMKGDWARLL RPTLQFGLVA VSIYVGLSRV SDYKAHWSDV LTGLIQGALV AI LVAVYVS DFFKERTSFK ERKEEDSHTT LHETPTTGNH YPSNHQP

UniProtKB: Phospholipid phosphatase 1

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分子 #2: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

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分子 #5: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tr...

分子名称: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: PT5
分子量理論値: 1.047088 KDa

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分子 #6: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 189213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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