[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMolecular mechanisms of naturally encoded signaling bias at the complement anaphylatoxin receptors.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 86, Issue 13, Page 2586-2604.e14, Year 2026
掲載日2026年7月2日
著者Divyanshu Tiwari / Kazuhiro Sawada / Annu Dalal / Sudha Mishra / Xaria X Li / Joshua C Dent / Kiae Kim / Manish K Yadav / Nabarun Roy / Manisankar Ganguly / Nilanjana Banerjee / Tomasz Maciej Stepniewski / Donghoon Ahn / Kohei Yamaguchi / Hidetaka S Oshima / Kana Hashimoto / Jenny N Fung / Titaya Lerskiatiphanich / Cedric S Cui / John D Lee / Jana Selent / Asuka Inoue / Richard J Clark / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Fumiya K Sano / Trent M Woodruff / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
PubMed 要旨The conceptual framework of biased agonism has greatly impacted our understanding of G-protein-coupled receptor (GPCR) signaling, regulatory paradigms, and drug discovery efforts. Here, we present ...The conceptual framework of biased agonism has greatly impacted our understanding of G-protein-coupled receptor (GPCR) signaling, regulatory paradigms, and drug discovery efforts. Here, we present fundamental molecular and structural insights into intrinsic bias encoded at the human and mouse complement anaphylatoxin C5a receptors, namely C5aR1 and C5aR2. We discover that a naturally occurring version of C5a, i.e., C5a, exhibits a robust G-protein-coupling bias at C5aR1 with attenuated β-arrestin (βarr) recruitment, which originates from a distinct conformation of TM7 and helix 8 in the receptor, leading to inefficient GRK recruitment and phosphorylation. We also determine a series of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of C5aR2, a naturally encoded βarr-biased receptor, which uncover key differences in anaphylatoxin recognition by C5aR2 relative to C5aR1. These structural snapshots also uncover a shallower cytoplasmic pocket in C5aR2 with a hydrophobic interior, which is likely incompatible with efficient G-protein coupling, leading to intrinsic bias. Our findings illuminate the molecular basis of naturally encoded signaling bias at GPCRs, with direct implications for therapeutic design.
リンクMol Cell / PubMed:42330960
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.82 Å
構造データ

EMDB-64749, PDB-9v35:
Structure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 in the Apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-64751, PDB-9v38:
Structure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 bound to EP54
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-64752, PDB-9v3c:
Structure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 bound to C5a
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

EMDB-64761, PDB-9v3y:
Structure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 bound to C5a-pep
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-64777, PDB-9v4d:
Structure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 bound to R8Y
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-65890, PDB-9wdi:
Structure of mC5aR2 in complex with mC5a-desArg
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-80132, PDB-25if:
Structure of mC5aR2 in complex with mC5a-desArg (Monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / G protein / Membrane protein / Immunite system

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る