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- PDB-9v38: Structure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v38
タイトルStructure of C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2, C5aR2 bound to EP54
要素
  • C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2
  • EP54 ligand
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / G protein / Membrane protein / Immunite system
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-8 production / complement component C5a receptor activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / Regulation of Complement cascade / basal plasma membrane / Peptide ligand-binding receptors / chemotaxis ...regulation of interleukin-8 production / complement component C5a receptor activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / complement receptor mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / Regulation of Complement cascade / basal plasma membrane / Peptide ligand-binding receptors / chemotaxis / G protein-coupled receptor activity / apical part of cell / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / basolateral plasma membrane / inflammatory response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Tiwari, D. / Sano, F.K. / Yadav, M.K. / Sawada, K. / Ganguly, M. / Mishra, S. / Dalal, A. / Banerjee, R. / Nureki, O. / Shukla, A.K.
資金援助 英国, インド, 3件
組織認可番号国
Wellcome TrustIA/S/20/1/504916 英国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/002646 インド
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: Molecular mechanisms of naturally encoded signaling bias at the complement anaphylatoxin receptors.
著者: Divyanshu Tiwari / Kazuhiro Sawada / Annu Dalal / Sudha Mishra / Xaria X Li / Joshua C Dent / Kiae Kim / Manish K Yadav / Nabarun Roy / Manisankar Ganguly / Nilanjana Banerjee / Tomasz Maciej ...著者: Divyanshu Tiwari / Kazuhiro Sawada / Annu Dalal / Sudha Mishra / Xaria X Li / Joshua C Dent / Kiae Kim / Manish K Yadav / Nabarun Roy / Manisankar Ganguly / Nilanjana Banerjee / Tomasz Maciej Stepniewski / Donghoon Ahn / Kohei Yamaguchi / Hidetaka S Oshima / Kana Hashimoto / Jenny N Fung / Titaya Lerskiatiphanich / Cedric S Cui / John D Lee / Jana Selent / Asuka Inoue / Richard J Clark / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Fumiya K Sano / Trent M Woodruff / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: The conceptual framework of biased agonism has greatly impacted our understanding of G-protein-coupled receptor (GPCR) signaling, regulatory paradigms, and drug discovery efforts. Here, we present ...The conceptual framework of biased agonism has greatly impacted our understanding of G-protein-coupled receptor (GPCR) signaling, regulatory paradigms, and drug discovery efforts. Here, we present fundamental molecular and structural insights into intrinsic bias encoded at the human and mouse complement anaphylatoxin C5a receptors, namely C5aR1 and C5aR2. We discover that a naturally occurring version of C5a, i.e., C5a, exhibits a robust G-protein-coupling bias at C5aR1 with attenuated β-arrestin (βarr) recruitment, which originates from a distinct conformation of TM7 and helix 8 in the receptor, leading to inefficient GRK recruitment and phosphorylation. We also determine a series of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of C5aR2, a naturally encoded βarr-biased receptor, which uncover key differences in anaphylatoxin recognition by C5aR2 relative to C5aR1. These structural snapshots also uncover a shallower cytoplasmic pocket in C5aR2 with a hydrophobic interior, which is likely incompatible with efficient G-protein coupling, leading to intrinsic bias. Our findings illuminate the molecular basis of naturally encoded signaling bias at GPCRs, with direct implications for therapeutic design.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.12026年7月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2
C: EP54 ligand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2262
ポリマ－43,2262
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 2 / Complement component 5a receptor 2 / G-protein coupled receptor 77


分子量: 42014.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5AR2, C5L2, GPR77
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9P296
#2: タンパク質・ペプチド EP54 ligand


分子量: 1211.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C5aR2 bound to EP54 ligand / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 63.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.2粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.6.2CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC4.6.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.6.2分類
13cryoSPARC4.6.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 214174 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: SwissModel / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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