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タイトルStructural Analysis of Tilvestamab in Complex with AXL.
ジャーナル・号・ページACS Omega, Vol. 11, Issue 1, Page 1874-1882, Year 2026
掲載日2026年1月13日
著者Eleni Christakou / Andrea J Lopez / Gopinath Muruganandam / David Micklem / James B Lorens / Petri Kursula /
PubMed 要旨AXL is a receptor tyrosine kinase with a significant role in various biological processes and important medical implications, particularly in cancer. AXL transduces signals from the extracellular ...AXL is a receptor tyrosine kinase with a significant role in various biological processes and important medical implications, particularly in cancer. AXL transduces signals from the extracellular environment into the cytoplasm by binding to its ligand, growth arrest-specific protein 6 (GAS6). Activation of AXL leads to autophosphorylation of its intracellular domain and subsequent activation of downstream signaling pathways involved in cell proliferation, migration, differentiation, and survival. Tilvestamab (also known as BGB149) is a first-in-class, humanized, therapeutic anti-AXL function-blocking monoclonal antibody. We carried out a structural characterization of the AXL-tilvestamab complex using both negative-stain and cryogenic transmission electron microscopy as well as synchrotron small-angle X-ray scattering. While AXL-Fc was highly elongated and formed large heterogeneous complexes with the full antibody, homogeneous samples for structural studies could be made using the monomeric soluble AXL extracellular domain, the Fab fragment of tilvestamab, and an anti-Fab nanobody. Both SAXS and cryo-EM confirmed successful complex formation between the three proteins, and a low-resolution 3D model for the tilvestamab-AXL complex is presented. The data allow for sample optimization for high-resolution structural biology, as well as designing mutations that could alter binding affinity and specificity.
リンクACS Omega / PubMed:41552498 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.09 Å
構造データ

55722

9t9m

EMDB-55722, PDB-9t9m:
Tilvestamab Fab bound to the anti-Fab nanobody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • mus sp. (ネズミ)
キーワードANTITUMOR PROTEIN / anti-AXL / monoclonal antibody / cancer / AXL is a receptor tyrosine kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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