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Structure paper

タイトルExtended Shine-Dalgarno motifs govern translation initiation in Staphylococcus aureus.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年2月12日
著者Maximilian P Kohl / Roberto Bahena-Ceron / Béatrice Chane-Woon-Ming / Maria Kompatscher / Matthias D Erlacher / Charles Barchet / Ottilie von Loeffelholz / Pascale Romby / Bruno P Klaholz / Stefano Marzi /
PubMed 要旨Regulation of translation initiation is central to bacterial adaptation, but species-specific mechanisms remain poorly understood. We present high-resolution mapping of translation start sites in ...Regulation of translation initiation is central to bacterial adaptation, but species-specific mechanisms remain poorly understood. We present high-resolution mapping of translation start sites in Staphylococcus aureus, revealing distinct features of initiation alongside numerous unannotated small ORFs. Our analysis, combined with cryo-EM of a native mRNA-ribosome complex, shows that S. aureus relies on extended, start codon proximal Shine-Dalgarno (SD) interactions, creating specificity against phylogenetically distant bacteria. Several natural S. aureus initiation sites are not correctly decoded by E. coli ribosomes. We identify new and conserved non-canonical start codons, whose regulatory initiation sites contain these characteristic extended SD sequence motifs. Finally, we characterize a novel example of uORF-mediated translational control in S. aureus, demonstrating that translation of a small leader peptide modulates expression of a key biofilm regulator. The described mechanism involves codon rarity, ribosome pausing, and arginine availability, linking nutrient sensing to biofilm formation in this major human pathogen.
リンクNat Commun / PubMed:41680142
手法EM (単粒子)
解像度2.3 Å
構造データ

55526

9t4r

EMDB-55526, PDB-9t4r:
Staphylococcus aureus 70S initiation complex with a natural mRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

由来
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / Shine-Delgarno / anti Shine-Delgarno / translation initiation / Staphylococcus aureus.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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