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タイトルMechanistic adaptation of the metazoan RabGEFs Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 35, Page eadx2893, Year 2025
掲載日2025年8月29日
著者Stephan Wilmes / Jesse Tönjes / Maik Drechsler / Anita Ruf / Jan-Hannes Schäfer / Anna Lürick / Dovile Januliene / Steven Apelt / Daniele Di Iorio / Seraphine V Wegner / Martin Loose / Arne Moeller / Achim Paululat / Daniel Kümmel /
PubMed 要旨Rab GTPases organize intracellular trafficking and provide identity to organelles. Their spatiotemporal activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) is tightly controlled to ensure ...Rab GTPases organize intracellular trafficking and provide identity to organelles. Their spatiotemporal activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) is tightly controlled to ensure fidelity. Our structural and functional comparison of the tri-longin domain RabGEFs Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned reveals the molecular basis for their target specificity. Both complexes rely on a conserved sequence motif of their substrate GTPases for the catalytic mechanism, while secondary interactions allow discrimination between targets. We also find that dimeric Mon1-Ccz1 from fungi and the metazoan homologs with the additional third subunit RMC1/Bulli bind membranes through electrostatic interactions via distinct interfaces. Protein-lipid interaction studies and functional characterization in flies reveal an essential function of RMC1/Bulli as mediator of GEF complex membrane recruitment. In the case of Fuzzy-Inturned, reconstitution experiments demonstrate that the BAR (Bin-Amphiphysin-Rvs) domain protein CiBAR1 can support membrane recruitment of the GEF. Collectively, our study demonstrates the molecular basis for the adaptation of TLD-RabGEFs to different cellular functions.
リンクSci Adv / PubMed:40864718 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.7 Å
構造データ

54211

9rs6

EMDB-54211, PDB-9rs6:
Structure of the Ypt7 GEF complex Mon1-Ccz1 from Chaetomium Thermophilum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

54212

9rs7

EMDB-54212, PDB-9rs7:
Ypt7 in complex with its GEF Mon1-Ccz1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

54213

9rs8

EMDB-54213, PDB-9rs8:
human Fuzzy-Inturned
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

54214

9rs9

EMDB-54214, PDB-9rs9:
Rab23 in complex with Fuzzy-Inturned
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • thermochaetoides thermophila (菌類)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / longin domain / GEF / nucleotide exchange / endosome / autophagosome / small GTPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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