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タイトルRoom-temperature X-ray fragment screening with serial crystallography.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Page 9089-9089, Year 2025
掲載日2024年7月10日 (構造データの登録日)
著者Gunther, S. / Fischer, P. / Galchenkova, M. / Falke, S. / Reinke, P.Y.A. / Thekku Veedu, S. / Rodrigues, A.C. / Senst, J. / Elinjikkal, D. / Gumprecht, L. ...Gunther, S. / Fischer, P. / Galchenkova, M. / Falke, S. / Reinke, P.Y.A. / Thekku Veedu, S. / Rodrigues, A.C. / Senst, J. / Elinjikkal, D. / Gumprecht, L. / Meyer, J. / Chapman, H.N. / Barthelmess, M. / Meents, A.
リンクNat Commun / PubMed:41083451
手法X線回折
解像度1.1 - 1.5 Å
構造データ

PDB-9g1a:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure, ground state
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-9g1b:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry A09
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-9g1c:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry A12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9g1d:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry E04
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9g1e:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry E07
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9g1f:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry E12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9g1g:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry G08
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9g1h:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure in complex with fragment F2X-entry H01
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9g1i:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure, ground state
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-9g1j:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry A06
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.28 Å

PDB-9g1k:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry A09
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-9g1l:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry A12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.27 Å

PDB-9g1m:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry B02
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-9g1n:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry E04
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

PDB-9g1o:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry E07
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-9g1p:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry E12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-9g1q:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry G08
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.11 Å

PDB-9g1r:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry G12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-9g1s:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry H01
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-9rpx:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry B06
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.27 Å

PDB-9rpy:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry B07
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-9rpz:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry B10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.11 Å

PDB-9rq0:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry C06
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-9rq1:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry C08
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.13 Å

PDB-9rq2:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry C09
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-9rq3:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry C10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-9rq4:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry D06
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-9rq5:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry D07
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-9rq6:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry E09
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-9rq7:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry F02
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-9rq8:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry F04
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-9rq9:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry F08
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-9rqa:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry F09
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-9rqb:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry F10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.27 Å

PDB-9rqc:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry G02
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-9rqd:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry G03
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-9rqe:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry G11
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-9rqf:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry H06
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.13 Å

PDB-9rqg:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry H07
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-9rqh:
Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry H12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-9s5b:
Fragment screening of FosAKP, room-temperature structure, ground state, small unit cell
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1ihz:
Structure of S. nuclease mutant quintuple mutant V23L/V66L/I72L/I92L/V99L

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-TJ1:
3-(propan-2-yl)-1,2,4-oxadiazol-5(4H)-one


化合物 画像なし

ChemComp-VNV:
Unknown entry

ChemComp-R9Y:
1-(1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl)methanamine

ChemComp-SYV:
6-azanyl-3-methyl-1,3-benzoxazol-2-one

ChemComp-RDJ:
N-ethyl-2-{[5-(propan-2-yl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]sulfanyl}acetamide


化合物 画像なし

ChemComp-VOB:
Unknown entry

PDB-1ihx:
Crystal structure of two D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase complexes: a case of asymmetry

ChemComp-2CK:
1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline / 1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリン

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-SZ7:
~{N}-[(~{E})-thiophen-2-ylmethylideneamino]cyclopropanecarboxamide

ChemComp-R8P:
(1S)-1-(4-nitrophenyl)ethan-1-ol


化合物 画像なし

ChemComp-UIS:
Unknown entry

ChemComp-PBC:
PHENYL BORONIC ACID / フェニルボロン酸

PDB-1i4v:
SOLUTION STRUCTURE OF THE UMUD' HOMODIMER

ChemComp-R8V:
(3S)-3-hydroxy-2-methyl-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one

PDB-1jh9:
PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PURF OPERATOR COMPLEX

ChemComp-TJV:
1,3-benzodioxole-5-carbothioamide

ChemComp-R9G:
(3-methoxyphenyl)(pyrrolidin-1-yl)methanone / 1-(3-メトキシベンゾイル)ピロリジン

ChemComp-SYJ:
2-fluoranyl-~{N}-(furan-2-ylmethyl)benzenesulfonamide

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド

PDB-1jh8:
Structural Investigation of the Biosynthesis of Alternative Lower Ligands for Cobamides by Nicotinate Mononucleotide:5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase (CobT) from Salmonella enterica

ChemComp-T9Y:
ethyl 5-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-4-carboxylate / 5-(トリフルオロメチル)-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸エチル

ChemComp-RB7:
N-[(4-bromo-3-methylphenyl)methyl]-2-(methylsulfonyl)ethan-1-amine

ChemComp-RBJ:
4-[(methylamino)methyl]phenol


化合物 画像なし

ChemComp-UI4:
Unknown entry

PDB-1jh7:
Semi-reduced Inhibitor-bound Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase from Arabidopsis thaliana

ChemComp-RCV:
methyl [3-(aminomethyl)phenoxy]acetate

ChemComp-RD4:
3-ethoxybenzene-1-carboximidamide


化合物 画像なし

ChemComp-UI7:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-UID:
Unknown entry


化合物 画像なし

ChemComp-U8X:
Unknown entry

ChemComp-SZA:
~{N}-(2-thiophen-2-ylethyl)pyridine-4-carboxamide

由来
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / fosfomycin / fragment screening

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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