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タイトルMolecular basis of ApoER2-mediated Semliki Forest virus entry.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 845, Year 2025
掲載日2025年12月19日
著者Bingchen Du / Xiyong Song / Bingyu Zhao / Zhibin Shi / Zaisi Liu / Shida Wang / Lili Wei / Xijun He / Juha T Huiskonen / Decheng Yang / Jingfei Wang /
PubMed 要旨The very low-density lipoprotein receptor (VLDLR) and apolipoprotein E receptor 2 (ApoER2) serve as entry receptors for the Semliki Forest virus (SFV). VLDLR interacts with the SFV E1 domain III ...The very low-density lipoprotein receptor (VLDLR) and apolipoprotein E receptor 2 (ApoER2) serve as entry receptors for the Semliki Forest virus (SFV). VLDLR interacts with the SFV E1 domain III (DIII) through multiple LDLR class A (LA) domains. However, the ApoER2-mediated SFV entry mechanism remains unclear. Here, we perform biochemical and cellular results and determine the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of SFV complexed with ApoER2 LA5 and full-length ApoER2, demonstrating that among the seven LA domains of ApoER2 isoform 1, only LA5 specifically binds to the SFV E1-DIII via a limited interface (353 Ų) and facilitates cell attachment and entry. Site-directed mutagenesis confirms the significance of the residues at the SFV-ApoER2 interface. Significantly, a soluble LA5 decoy receptor neutralizes SFV infection and protects mice from lethal SFV challenge. These findings reveal a LA5-dependent receptor engagement mechanism for SFV entry via ApoER2, distinct from VLDLR.
リンクNat Commun / PubMed:41419770 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-53901: Icosahedral reconstruction of Semliki Forest virus in complex with ApoER2 LA5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

53902

9rbq

EMDB-53902, PDB-9rbq:
Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

53903

9rbr

EMDB-53903, PDB-9rbr:
Semliki Forest virus trimer 2 in complex with ApoER2 LA5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-53904: Composite density map of Semliki Forest virus in complex with ApoER2 LA5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-53905: Icosahedral reconstruction of Semliki Forest virus in complex with ApoER2 ligand-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-53906: Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 ligand-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-53907: Semliki Forest virus trimer 2 in complex with ApoER2 ligand-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-53908: Composite density map of Semliki Forest virus in complex with ApoER2 ligand-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS / Semliki Forest virus / SFV / ApoER2 receptor / localized reconstruction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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