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Structure paper

タイトルStructure and mechanism of the HECT ligase HECTD3.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年2月14日
著者Jessica Huber / Diego Esposito / Sarah Maslen / Dominic O Chambers / J Mark Skehel / Katrin Rittinger /
PubMed 要旨HECT E3 ligases regulate many cellular processes, yet how they recognise their substrates and synthesise specific types of poly-ubiquitin chains is still incompletely understood. HECTD3, a member of ...HECT E3 ligases regulate many cellular processes, yet how they recognise their substrates and synthesise specific types of poly-ubiquitin chains is still incompletely understood. HECTD3, a member of the "other HECT" family, is implicated in the regulation of inflammation, apoptosis, and infection and highly expressed in several cancers. These functions are largely attributed to its ligase activity and modification of diverse substrates with different types of ubiquitin chains. We present a detailed analysis of the ligase activity of HECTD3, including its ubiquitin linkage preferences, oligomeric state and substrate ubiquitination. Using cryo-EM, we provide the full-length structures of HECTD3 in both apo and ubiquitin-loaded forms, revealing key insights into its domain organisation, including discovery of a distinct fold of the N-terminal region, and mechanistic features. Some of these are shared with other HECT ligases, while others are unique to HECTD3 and contribute to differences in its catalytic mechanisms and functional diversity.
リンクNat Commun / PubMed:41690955 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.61 - 6.38 Å
構造データ

53804

9r85

EMDB-53804, PDB-9r85:
Cryo-EM structure of the E3 ligase HECTD3 conjugated to ubiquitin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

53836

9r8t

EMDB-53836, PDB-9r8t:
Cryo-EM structure of the E3 ligase HECTD3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.06 Å

53852

9r94

EMDB-53852, PDB-9r94:
Cryo-EM structure of the E3 ligase HECTD3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.38 Å

PDB-9r6v:
Crystal structure of the DOC domain of the E3 ligase HECTD3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-AYE:
prop-2-en-1-amine

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / E3-ligase / ubiquitin / ubiquitination / HECT-ligase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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