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Structure paper

タイトルStructural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 14, Year 2025
掲載日2025年12月24日
著者Amanda L Hughes / Ramasubramanian Sundaramoorthy / Tom Owen-Hughes /
PubMed 要旨Previously we showed that Chd1 chromatin remodelling enzyme associates with nucleosomes oriented towards the longer linker (Sundaramoorthy et al., 2018) (1). Here we report a series of structures of ...Previously we showed that Chd1 chromatin remodelling enzyme associates with nucleosomes oriented towards the longer linker (Sundaramoorthy et al., 2018) (1). Here we report a series of structures of Chd1 bound to nucleosomes during ongoing ATP-dependent repositioning. Combining these with biochemical experiments and existing literature we propose a model in which Chd1 first associates oriented to sample putative entry DNA. In an ATP-dependent reaction, the enzyme then redistributes to the opposite side of the nucleosome, where it subsequently adopts a conformation productive for DNA translocation. Once this active complex extends nascent exit linker to approximately 15bp, it is sensed by the Chd1 DNA binding domain resulting in conversion to a product inhibited state. These observations provide a mechanistic basis for the action of a molecular ruler element in nucleosome spacing.
リンクElife / PubMed:41439750
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.2 Å
構造データ

53590

9r5k

EMDB-53590, PDB-9r5k:
Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

53595

9r5s

EMDB-53595, PDB-9r5s:
Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードGENE REGULATION / Nucleosome / Remodelling enzyme

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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