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タイトルStructural basis for prostaglandin and drug transport via SLCO2A1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年3月20日
著者Chitra Joshi / Justin C Deme / Yoshinobu Nakamura / Wei-Tse Hsu / Jonathan D Goult / Takafumi Kato / Joanne L Parker / Philip C Biggin / Susan M Lea / Takeo Nakanishi / Simon Newstead /
PubMed 要旨Organic anion-transporting polypeptide transporters (SLCO/OATPs) function as cellular gatekeepers, regulating intestinal absorption, hepatic and renal clearance, and the tissue distribution of drugs ...Organic anion-transporting polypeptide transporters (SLCO/OATPs) function as cellular gatekeepers, regulating intestinal absorption, hepatic and renal clearance, and the tissue distribution of drugs and metabolites in the human body. However, the mechanisms underlying substrate selection within the SLCO superfamily remain unclear, hampering efforts to rationalize the interaction of drugs and metabolites with these transporters. SLCO2A1 (also known as OATP2A1) is responsible for the distribution of eicosanoids, including prostaglandins (PGs) and thromboxanes, throughout the body, in addition to several families of nonsteroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs). Here, we present cryogenic electron microscopy structures of SLCO2A1 bound to endogenous PGs and to four widely prescribed medications for treating inflammation, chronic asthma, and Parkinson's disease (PD). Complementary molecular dynamics and in vivo cellular assays elucidate the molecular basis for PG and drug recognition. Our study reports essential mechanistic details that underpin substrate selection and subfamily adaptation within the broader SLCO superfamily of drug and metabolite transporters.
リンクNat Commun / PubMed:41862483 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-53472, PDB-9qzo:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 in the apo state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-53481, PDB-9r07:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 bound to zafirlukast.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-53482, PDB-9r0a:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 bound to fentiazac.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-53483, PDB-9r0i:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 bound to losartan.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-53484, PDB-9r0m:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 bound to prostaglandin E2.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-53485, PDB-9r0n:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 bound to dinoprost.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-53486, PDB-9r0o:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 bound to tolcapone.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-ZLK:
zafirlukast / ザフィルルカスト / アンタゴニスト*YM

PDB-1jbl:
Solution structure of SFTI-1, A cyclic trypsin inhibitor from sunflower seeds

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

ChemComp-LSN:
[2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol / ロサルタン

ChemComp-P2E:
(Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid / プロスタグランジンE2 / 薬剤*YM

ChemComp-UGU:
(Z)-7-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-bis(oxidanyl)-2-[(E,3S)-3-oxidanyloct-1-enyl]cyclopentyl]hept-5-enoic acid / プロスタグランジンF / ホルモン*YM

ChemComp-TCW:
Tolcapone / 薬剤, 阻害剤*YM

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OATP2A1 / plasma membrane localized / prostaglandin transporter / PGT / major facilitator superfamily. / plasma membrane localised

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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