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Structure paper

タイトルExtensive natural variation in bacterial ribosomal drug-binding sites.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 44, Issue 7, Page 115878, Year 2025
掲載日2025年7月22日
著者Chinenye L Ekemezie / Lewis I Chan / Charlotte R Brown / Karla Helena-Bueno / Tom A Williams / Sergey V Melnikov /
PubMed 要旨Ribosomes from certain bacteria possess divergent drug-binding sites compared to those of Escherichia coli, leading to natural evasion or hypersensitivity to antibiotics. However, in the absence of ...Ribosomes from certain bacteria possess divergent drug-binding sites compared to those of Escherichia coli, leading to natural evasion or hypersensitivity to antibiotics. However, in the absence of systematic studies, it is unknown whether this divergence is rare or common among bacterial species. Here, we address this by reconstructing the evolutionary history of drug-binding residues in bacterial ribosomes. We find that many rRNA residues that are currently viewed as bacterial-specific features of ribosomal drug-binding sites are in fact conserved only in a subset of bacteria. Conversely, species with divergent drug-binding sites are widespread in nature, arising from ancient rRNA polymorphisms at the direct ribosome-drug interface. Using a few bacterial species harboring divergent drug-binding sites, we identify their intrinsic resistance to corresponding ribosome-targeting antibiotics. Overall, we reveal the extensive lineage-specific diversity of ribosomal drug-binding sites, offering a resource for developing more targeted antibiotics and enabling personalized drug selection for specific pathogens.
リンクCell Rep / PubMed:40536873
手法EM (単粒子)
解像度3.13 Å
構造データ

53347

9qt5

EMDB-53347, PDB-9qt5:
Structure of the 50S ribosomal subunit from the antibiotic-producing bacterium Streptomyces fradiae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

由来
  • streptomyces fradiae atcc 10745 = dsm 40063 (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / Streptomyces / 50S / ribosome-targeting antibiotics

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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