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Structure paper

タイトルStructural basis for selective inhibition of human GABA transporter GAT3.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 1774, Year 2026
掲載日2026年1月29日
著者Jonas Sigurd Mortensen / Francesco Bavo / Malene Hall Jensen / Alexander Peder Smiszek Pedersen / Julian Philipp Storm / Tillmann Pape / Bente Frølund / Petrine Wellendorph / Azadeh Shahsavar /
PubMed 要旨The astrocytic γ-aminobutyric acid (GABA) transporter, GAT3, is essential for terminating GABAergic signaling in the central nervous system. Selective inhibition of GAT3 offers a potential strategy ...The astrocytic γ-aminobutyric acid (GABA) transporter, GAT3, is essential for terminating GABAergic signaling in the central nervous system. Selective inhibition of GAT3 offers a potential strategy for elevating extracellular GABA levels for the treatment of neurological disorders including epilepsy. However, few potent and selective GAT3 inhibitors have been developed, and their mechanisms of inhibition remain poorly understood. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of full-length, wild-type human GAT3, hGAT3, bound to a selective inhibitor, to substrate GABA, or in substrate-free state. hGAT3 bound to the inhibitor or in the substrate-free state exhibits an inward-open conformation. The inhibitor binds within the intracellular permeation pathway, positioned between transmembrane helices 1, 2, 3, 6, 7, and 8. The GABA-bound hGAT3 is captured in an inward-occluded state, revealing the ion coordination and substrate recognition network, including a cation-π interaction between GABA's γ-amino group and a phenylalanine residue in transmembrane helix 6. Our data reveal the molecular determinants for the inhibitor selectivity, and the mode of substrate binding and transport inhibition, providing blueprints for the rational design of next-generation selective GAT3 inhibitors.
リンクNat Commun / PubMed:41611703 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

53259

9qo8

EMDB-53259, PDB-9qo8:
Inward-open structure of human GABA transporter 3 bound to selective inhibitor SR-THAP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

53260

9qo9

EMDB-53260, PDB-9qo9:
Inward-occluded structure of human GABA transporter 3 bound to substrate GABA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

PDB-1i87:
SOLUTION STRUCTURE OF THE WATER-SOLUBLE FRAGMENT OF RAT HEPATIC APOCYTOCHROME B5

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / 神経伝達物質, 阻害剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transport protein / SLC6A11 / neurotransmitter/sodium symporter / Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 3 / GAT3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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