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タイトルMechanism of SK2 channel gating and its modulation by the bee toxin apamin and small molecules.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 14, Year 2025
掲載日2025年12月4日
著者Samantha J Cassell / Weiyan Li / Simon Krautwald / Maryam Khoshouei / Yan Tony Lee / Joyce Hou / Wendy Guan / Stefan Peukert / Wilhelm Weihofen / Jonathan R Whicher /
PubMed 要旨Small-conductance calcium-activated potassium channel 2 (SK2) serves a variety of biological functions by coupling intracellular calcium dynamics with membrane potential. SK2 modulators are in ...Small-conductance calcium-activated potassium channel 2 (SK2) serves a variety of biological functions by coupling intracellular calcium dynamics with membrane potential. SK2 modulators are in development for the treatment of neurological and cardiovascular diseases, though the mechanisms of pharmacological modulation remain incompletely understood. We determined structures of an SK2-4 chimeric channel in Ca-bound and Ca-free conformations and in complex with the bee toxin apamin, a small molecule inhibitor, and a small molecule activator. The structures revealed that the S3-S4 linker forms a hydrophobic constriction at the extracellular opening of the pore. Apamin binds to this extracellular constriction and blocks the exit of potassium ions. Furthermore, we identified a structurally related SK2 inhibitor and activator that bind to the transmembrane domains. The compounds exert opposing effects on gating by differentially modulating the conformation of the S6 helices. These results provide important mechanistic insights to facilitate the development of targeted SK2 channel therapeutics.
リンクElife / PubMed:41342453 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

70089

9o48

EMDB-70089, PDB-9o48:
Cryo-EM structure of the human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex in the Ca2+ bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

70120

9o51

EMDB-70120, PDB-9o51:
Cryo-EM structure of the human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex in the Ca2+ free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

70121

9o52

EMDB-70121, PDB-9o52:
Cryo-EM structure of the human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex bound to the bee toxin apamin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

70122

9o53

EMDB-70122, PDB-9o53:
Cryo-EM structure of the human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex bound to a small molecule inhibitor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

70145

9o5o

EMDB-70145, PDB-9o5o:
Cryo-EM structure of the human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex bound to a small molecule activator
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

PDB-1b8d:
CRYSTAL STRUCTURE OF A PHYCOUROBILIN-CONTAINING PHYCOERYTHRIN

PDB-1b8g:
1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • apis mellifera (セイヨウミツバチ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / Calcium / Potassium / Calmodulin / TRANSPORT PROTEIN/TOXIN / Toxin / Apamin / TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex / TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / Inhibitor / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex / Activator

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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