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タイトルStructural basis of broad protection against influenza virus by human antibodies targeting the neuraminidase active site via a recurring motif in CDR H3.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7067, Year 2025
掲載日2025年8月1日
著者Gyunghee Jo / Seiya Yamayoshi / Krystal M Ma / Olivia Swanson / Jonathan L Torres / James A Ferguson / Monica L Fernández-Quintero / Jiachen Huang / Jeffrey Copps / Alesandra J Rodriguez / Jon M Steichen / Yoshihiro Kawaoka / Julianna Han / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Influenza viruses evolve rapidly, driving seasonal epidemics and posing global pandemic threats. While neuraminidase (NA) has emerged as a vaccine target, shared molecular features of NA antibody ...Influenza viruses evolve rapidly, driving seasonal epidemics and posing global pandemic threats. While neuraminidase (NA) has emerged as a vaccine target, shared molecular features of NA antibody responses are still not well understood. Here, we describe cryo-electron microscopy structures of the broadly protective human antibody DA03E17, which was previously identified from an H1N1-infected donor, in complex with NA from A/H1N1, A/H3N2, and B/Victoria-lineage viruses. DA03E17 targets the highly conserved NA active site using its long CDR H3, which features a DR (Asp-Arg) motif that engages catalytic residues and mimics sialic acid interactions. We further demonstrate that this motif is conserved among several NA active site-targeting antibodies, indicating a common receptor mimicry strategy. We also identified BCR sequences containing this DR motif across all donors in a healthy human repertoire database, suggesting that such precursors may be relatively common and have vaccine targeting potential. Our findings reveal shared molecular features in NA active site-targeting antibodies that can be harnessed to design broad, immune-focused influenza vaccines.
リンクNat Commun / PubMed:40750588 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.47 - 3.2 Å
構造データ

46041

9cye

EMDB-46041, PDB-9cye:
Cryo-EM structure of DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/California/07/2009 (H1N1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

46042

9cyf

EMDB-46042, PDB-9cyf:
Cryo-EM structure of DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

46043

9cyg

EMDB-46043, PDB-9cyg:
Cryo-EM structure of influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

46044

9cyh

EMDB-46044, PDB-9cyh:
Cryo-EM structure of DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Colorado/06/2017
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

46045

9cyi

EMDB-46045, PDB-9cyi:
Cryo-EM structure of 1G01 IgG in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

46046

9cyj

EMDB-46046, PDB-9cyj:
Cryo-EM structure of FNI9 IgG in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

70108

9o4n

EMDB-70108, PDB-9o4n:
Cryo-EM structure of CR12042 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/California/07/2009 (H1N1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.48 Å

70109

9o4o

EMDB-70109, PDB-9o4o:
Cryo-EM structure of CR12044 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/California/07/2009 (H1N1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

70110

9o4p

EMDB-70110, PDB-9o4p:
Cryo-EM structure of AF9C-GL Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/California/07/2009 (H1N1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

70111

9o4q

EMDB-70111, PDB-9o4q:
Cryo-EM structure of Z1A11-GL Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/California/07/2009 (H1N1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (a/california/07/2009(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza b virus (b/colorado/06/2017) (B型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neuraminidase / Hydrolase / Antibody complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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