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- EMDB-46042: Cryo-EM structure of DA03E17 Fab in complex with influenza virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46042
タイトルCryo-EM structure of DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
マップデータ
試料
  • 複合体: DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: DA03E17 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DA03E17 Fab light chain
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNeuraminidase / Hydrolase / Antibody complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Jo G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of broad protection against influenza virus by human antibodies targeting the neuraminidase active site via a recurring motif in CDR H3.
著者: Gyunghee Jo / Seiya Yamayoshi / Krystal M Ma / Olivia Swanson / Jonathan L Torres / James A Ferguson / Monica L Fernández-Quintero / Jiachen Huang / Jeffrey Copps / Alesandra J Rodriguez / ...著者: Gyunghee Jo / Seiya Yamayoshi / Krystal M Ma / Olivia Swanson / Jonathan L Torres / James A Ferguson / Monica L Fernández-Quintero / Jiachen Huang / Jeffrey Copps / Alesandra J Rodriguez / Jon M Steichen / Yoshihiro Kawaoka / Julianna Han / Andrew B Ward /
要旨: Influenza viruses evolve rapidly, driving seasonal epidemics and posing global pandemic threats. While neuraminidase (NA) has emerged as a vaccine target, shared molecular features of NA antibody ...Influenza viruses evolve rapidly, driving seasonal epidemics and posing global pandemic threats. While neuraminidase (NA) has emerged as a vaccine target, shared molecular features of NA antibody responses are still not well understood. Here, we describe cryo-electron microscopy structures of the broadly protective human antibody DA03E17, which was previously identified from an H1N1-infected donor, in complex with NA from A/H1N1, A/H3N2, and B/Victoria-lineage viruses. DA03E17 targets the highly conserved NA active site using its long CDR H3, which features a DR (Asp-Arg) motif that engages catalytic residues and mimics sialic acid interactions. We further demonstrate that this motif is conserved among several NA active site-targeting antibodies, indicating a common receptor mimicry strategy. We also identified BCR sequences containing this DR motif across all donors in a healthy human repertoire database, suggesting that such precursors may be relatively common and have vaccine targeting potential. Our findings reveal shared molecular features in NA active site-targeting antibodies that can be harnessed to design broad, immune-focused influenza vaccines.
履歴
登録2024年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 371.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.57606685 - 0.90721834
平均 (標準偏差)0.00007840935 (±0.019056872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46042_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46042_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_46042_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/...

全体名称: DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
要素
  • 複合体: DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: DA03E17 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DA03E17 Fab light chain
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/...

超分子名称: DA03E17 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from A/Kansas/14/2017 (H3N2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 52.145516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPHHHHHHGS SSSDYSDLQR VKQELLEEVK KELQKVKEEI IEAFVQELRK RGSENLYFQS GSEYRNWSK PQCGITGFAP FSKDNSIRLS AGGDIWVTRE PYVSCDPDKC YQFALGQGTT INNVHSNNTA RDRTPHRTLL M NELGVPFH ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPHHHHHHGS SSSDYSDLQR VKQELLEEVK KELQKVKEEI IEAFVQELRK RGSENLYFQS GSEYRNWSK PQCGITGFAP FSKDNSIRLS AGGDIWVTRE PYVSCDPDKC YQFALGQGTT INNVHSNNTA RDRTPHRTLL M NELGVPFH LGTKQVCIAW SSSSCHDGKA WLHVCITGDD KNATASFIYN GRLVDSVVSW SKDILRTQES ECVCINGTCT VV MTDGNAT GKADTKILFI EEGKIVHTSK LSGSAQHVEE CSCYPRYPGV RCVCRDNWKG SNRPIVDINI KDHSIVSSYV CSG LVGDTP RKTDSSSSSH CLNPNNEKGG HGVKGWAFDD GNDVWMGRTI NETSRLGYET FKVVEGWSNP KSKLQINRQV IVDR GDRSG YSGIFSVEGK SCINRCFYVE LIRGRKEETE VLWTSNSIVV FCGTSGTYGT GSWPDGADLN LMHI

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: DA03E17 Fab heavy chain

分子名称: DA03E17 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.554438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSFS SGGYLWSWVR QHPGKGLEWI GYILYSGSPY YNPSLESRAT ISLDTSKNQF SLRLISVTA ADAAMYYCAR VDGSGNTDRY YFYGMDVWGQ GTMVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EVQLVESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSFS SGGYLWSWVR QHPGKGLEWI GYILYSGSPY YNPSLESRAT ISLDTSKNQF SLRLISVTA ADAAMYYCAR VDGSGNTDRY YFYGMDVWGQ GTMVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKRVEPK SCD

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分子 #3: DA03E17 Fab light chain

分子名称: DA03E17 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.486031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASRGIG DWLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQRGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP DDFATYYCQ QADGWEVWTF GQGTKVDVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASRGIG DWLAWYQQKP GKAPKLLIYA ASSLQRGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP DDFATYYCQ QADGWEVWTF GQGTKVDVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.43 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 43.16 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: cryoSPARC - ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 47357
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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