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タイトルAPC/C-mediated ubiquitylation of extranucleosomal histone complexes lacking canonical degrons.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 2561, Year 2025
掲載日2025年3月15日
著者Aleksandra Skrajna / Tatyana Bodrug / Raquel C Martinez-Chacin / Caleb B Fisher / Kaeli A Welsh / Holly C Simmons / Eyla C Arteaga / Jake M Simmons / Mohamed A Nasr / Kyle M LaPak / Anh Nguyen / Mai T Huynh / Isabel Fargo / Joshua G Welfare / Yani Zhao / David S Lawrence / Dennis Goldfarb / Nicholas G Brown / Robert K McGinty /
PubMed 要旨Non-degradative histone ubiquitylation plays a myriad of well-defined roles in the regulation of gene expression and choreographing DNA damage repair pathways. In contrast, the contributions of ...Non-degradative histone ubiquitylation plays a myriad of well-defined roles in the regulation of gene expression and choreographing DNA damage repair pathways. In contrast, the contributions of degradative histone ubiquitylation on genomic processes has remained elusive. Recently, the APC/C has been shown to ubiquitylate histones to regulate gene expression in pluripotent cells, but the molecular mechanism is unclear. Here we show that despite directly binding to the nucleosome through subunit APC3, the APC/C is unable to ubiquitylate nucleosomal histones. In contrast, extranucleosomal H2A/H2B and H3/H4 complexes are broadly ubiquitylated by the APC/C in an unexpected manner. Using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and biophysical and enzymatic assays, we demonstrate that APC8 and histone tails direct APC/C-mediated polyubiquitylation of core histones in the absence of traditional APC/C substrate degron sequences. Taken together, our work implicates APC/C-nucleosome tethering in the degradation of diverse chromatin-associated proteins and extranucleosomal histones for the regulation of transcription and the cell cycle and for preventing toxicity due to excess histone levels.
リンクNat Commun / PubMed:40089476 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 Å
構造データ

48928

9n9r

EMDB-48928: Cryo-EM map of APC/C-CDC20-UBE2C-H2A/H2B crosslinked complex
PDB-9n9r: Model of APC/C-CDC20-UBE2C from H2A/H2B-bound complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

48984

9n9s

EMDB-48984: Cryo-EM map of APC/C-CDC20-UBE2C-H3/H4 crosslinked complex
PDB-9n9s: Model of APC/C-CDC20-UBE2C from H3/H4-bound complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL CYCLE / ubiquitin ligase / histone / chromatin / ubiquitin / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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