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Structure paper

タイトルKiwa is a membrane-embedded defense supercomplex activated at phage attachment sites.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 21, Page 5862-5877.e23, Year 2025
掲載日2025年10月16日
著者Zhiying Zhang / Thomas C Todeschini / Yi Wu / Roman Kogay / Ameena Naji / Joaquin Cardenas Rodriguez / Rupavidhya Mondi / Daniel Kaganovich / David W Taylor / Jack P K Bravo / Marianna Teplova / Triana Amen / Eugene V Koonin / Dinshaw J Patel / Franklin L Nobrega /
PubMed 要旨Bacteria and archaea deploy diverse antiviral defense systems, many of which remain mechanistically uncharacterized. Here, we characterize Kiwa, a widespread two-component system composed of the ...Bacteria and archaea deploy diverse antiviral defense systems, many of which remain mechanistically uncharacterized. Here, we characterize Kiwa, a widespread two-component system composed of the transmembrane sensor KwaA and the DNA-binding effector KwaB. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) analysis reveals that KwaA and KwaB assemble into a large, membrane-associated supercomplex. Upon phage binding, KwaA senses infection at the membrane, leading to KwaB binding of ejected phage DNA and inhibition of replication and late transcription, without inducing host cell death. Although KwaB can bind DNA independently, its antiviral activity requires association with KwaA, suggesting spatial or conformational regulation. We show that the phage-encoded DNA-mimic protein Gam directly binds and inhibits KwaB but that co-expression with the Gam-targeted RecBCD system restores protection by Kiwa. Our findings support a model in which Kiwa coordinates membrane-associated detection of phage infection with downstream DNA binding by its effector, forming a spatially coordinated antiviral mechanism.
リンクCell / PubMed:40730155 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.6 - 4.28 Å
構造データ

48556

9mrg

EMDB-48556, PDB-9mrg:
Cryo-EM structure of KwaA tetramer with C2 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

48562

9mrr

EMDB-48562, PDB-9mrr:
Cryo-EM structure of KwaA with C4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.28 Å

48564

9mrx

EMDB-48564, PDB-9mrx:
Cryo-EM structure of KwaA-KwaB complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

49973

9o0i

EMDB-49973, PDB-9o0i:
Cryo-EM structure of Local KwaA-KwaB complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

PDB-9mtn:
Crystal structure of KwaB
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.92 Å

PDB-9nyu:
Crystal structure of KwaB dimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti-phage / Kiwa / tetramer / KwaA tetramer / C4 / anti-phage defense / KwaA-KwaB complex / KwaB dimer / Kiwa system / ANTIVIRAL PROTEIN / Antiphage

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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