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タイトルTOM20-driven E3 ligase recruitment regulates mitochondrial dynamics through PLD6.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 22, Issue 1, Page 37-47, Year 2026
掲載日2025年4月22日
著者Anat Raiff / Shidong Zhao / Aizat Bekturova / Colin Zenge / Shir Mazor / Xinyan Chen / Wenwen Ru / Yaara Makaros / Tslil Ast / Alban Ordureau / Chao Xu / Itay Koren /
PubMed 要旨Mitochondrial homeostasis is maintained through complex regulatory mechanisms, including the balance of mitochondrial dynamics involving fusion and fission processes. A central player in this ...Mitochondrial homeostasis is maintained through complex regulatory mechanisms, including the balance of mitochondrial dynamics involving fusion and fission processes. A central player in this regulation is the ubiquitin-proteasome system (UPS), which controls the degradation of pivotal mitochondrial proteins. In this study, we identified cullin-RING E3 ligase 2 (CRL2) and its substrate receptor, FEM1B, as critical regulators of mitochondrial dynamics. Through proteomic analysis, we demonstrate here that FEM1B controls the turnover of PLD6, a key regulator of mitochondrial dynamics. Using structural and biochemical approaches, we show that FEM1B physically interacts with PLD6 and that this interaction is facilitated by the direct association of FEM1B with the mitochondrial import receptor TOM20. Ablation of FEM1B or disruption of the FEM1B-TOM20 interaction impairs PLD6 degradation and induces mitochondrial defects, phenocopying PLD6 overexpression. These findings underscore the importance of FEM1B in maintaining mitochondrial morphology and provide further mechanistic insights into how the UPS regulates mitochondrial homeostasis.
リンクNat Chem Biol / PubMed:40263465 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.56 - 4.13 Å
構造データ

EMDB-61196, PDB-9j77:
Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B (dimer 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-61197, PDB-9j78:
Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B (dimer 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

EMDB-61198, PDB-9j79:
Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B bound with TOM20(tetramer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.08 Å

EMDB-61199, PDB-9j7a:
local refinement of FEM1B bound with TOM20 (dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.13 Å

EMDB-61200, PDB-9j7b:
local refinement of FEM1B bound with TOM20(tetramer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.12 Å

EMDB-61362, PDB-9jce:
local refinement of FEM1B bound with TOM20
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-63187, PDB-9lkx:
local refinement of FEM1B bound with PLD6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

EMDB-63188, PDB-9lky:
Dimer of CRL2-FEM1B bound with PLD6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitination E3 ligase / Cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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