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Structure paper

タイトルStepwise activation of SARM1 for cell death and axon degeneration revealed by a biosynthetic NMN mimic.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 8, Page e2424906122, Year 2025
掲載日2025年2月25日
著者Yinpin Huang / Jun Zhang / Wenbin Zhang / Jie Chen / Sijia Chen / Qincui Wu / Sanduo Zheng / Xiaodong Wang /
PubMed 要旨Axon degeneration, driven by the NAD hydrolyzing enzyme SARM1, is an early pathological hallmark of numerous neurodegenerative diseases. SARM1 exists in an inactive form and is activated following ...Axon degeneration, driven by the NAD hydrolyzing enzyme SARM1, is an early pathological hallmark of numerous neurodegenerative diseases. SARM1 exists in an inactive form and is activated following nerve injury. However, the precise molecular mechanism underlying SARM1 activation remains to be fully elucidated. In this study, we report the identification of a potent proactivator of SARM1, G10, which is converted into a direct activator (M1) by the enzyme nicotinamide phosphoribosyltransferase. Cryoelectron microscopy structures of SARM1 bound to M1, as well as to M1 and a nonhydrolyzable NAD analog (1AD), captured two intermediate activation states and the fully active state, revealing a stepwise mechanism of SARM1 activation. Further, introducing a disulfide bond to prevent conformational transitions between the two intermediate states mediated by M1 stabilized SARM1 in its inactive form and blocked M1-induced cell death. Together, these findings propose a sequential, stepwise activation model for SARM1 and offer a framework for developing potential SARM1 inhibitors for the treatment of neurodegenerative diseases.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:39964720 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 3.55 Å
構造データ

62772

9l2d

EMDB-62772, PDB-9l2d:
Structure of SARM1 bound to M1 in the intermediate state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

62773

9l2e

EMDB-62773, PDB-9l2e:
Structure of SARM1 bound to M1 in the intermediate state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

62774

9l2f

EMDB-62774, PDB-9l2f:
Structure of SARM1 bound to M1 and 1AD in the active state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

62775

9l2g

EMDB-62775, PDB-9l2g:
Structure of SARM1 2C-mutant bound to M1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

化合物

PDB-1eiv:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / NAD(+) hydrolase / cell death / apoptosis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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