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タイトルMolecular mechanisms of CBASS phospholipase effector CapV mediated membrane disruption.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 8611, Year 2025
掲載日2025年9月29日
著者Jianping Kong / Wanqian Wu / Shiyue Ke / Zihan Zhou / Shenglan Xia / Jianyu Chen / Runyu Zhu / Yijia Hou / Tinashe Makanyire / Xiangru Shan / Zhuyue Zhuo / Keying Li / Hongtao Shen / Pan Yang / Pingping Huang / Jingxian Liu / Jing Li / Xiaolian Sun / Jiajia Dong / Hongbin Sun / Meirong Chen / Meiling Lu / Zhaoxing Li / Yibei Xiao /
PubMed 要旨Cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are widespread bacterial immune systems that trigger host suicide via cyclic nucleotide-activated effectors. The predominant strategy ...Cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are widespread bacterial immune systems that trigger host suicide via cyclic nucleotide-activated effectors. The predominant strategy to induce cell death in CBASS is membrane disruption. Here, we demonstrate that patatin-like phospholipase CapV, the most abundant CBASS effector, relocates and cleaves membrane phospholipids at the cell pole upon 3'3'-cGAMP binding, inducing polarized membrane disruption and cell death. Using cryo-EM, we reveal that apo-CapV adopts both dimeric and tetrameric states, with its phospholipid-binding pocket occluded and locked in an inactive conformation. Binding to 3'3'-cGAMP induces filamentation and substantial conformational change of CapV, enhancing membrane binding via electrostatic interactions between its interspaced basic surfaces and the negatively charged phosphate moieties of phospholipids. Simultaneously, the rearrangement opens the phospholipid-binding pocket, enabling the accommodation of two fatty acid chains of phospholipid within distinct hydrophobic pockets. Our findings reveal a filament-dependent activation mechanism for phospholipase-mediated membrane disruption during antiviral response.
リンクNat Commun / PubMed:41022836 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.1 Å
構造データ

60393

8zr9

EMDB-60393: Cryo-EM structure of AbCapV filemant bound with 3',3'-cGAMP with extra phospholipid density
PDB-8zr9: Cryo-EM structure of AbCapV filemant bound with 3',3'-cGAMP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

61417

9jeh

EMDB-61417, PDB-9jeh:
Cryo-EM structure of AbCapV dimer, apo form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

61419

9jek

EMDB-61419, PDB-9jek:
Cryo-EM structure of AbCapV tetramer, intermediate form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

62291

9kej

EMDB-62291: Cryo-EM structure of AbCapV S58A filament bound with 3'3'-cGAMP with extra phospholipid density
PDB-9kej: Cryo-EM structure of AbCapV S58A filament bound with 3'3'-cGAMP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

化合物

ChemComp-4BW:
2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / cGAMP

由来
  • acinetobacter baumannii (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / CBASS / phospholipase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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