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タイトルInsights into G-protein coupling preference from cryo-EM structures of G-bound PTH1R.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 21, Issue 12, Page 1906-1914, Year 2025
掲載日2025年6月26日
著者Fumiya K Sano / Kota Shimizume / Kazuhiro Kobayashi / Toshikuni Awazu / Kouki Kawakami / Hiroaki Akasaka / Takaaki A Kobayashi / Tatsuki Tanaka / Hiroyuki H Okamoto / Hisato Hirano / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Yoshiaki Kise / Yuzuru Itoh / Ryuichiro Ishitani / Yasushi Okada / Yasushi Sako / Masataka Yanagawa / Asuka Inoue / Osamu Nureki /
PubMed 要旨The parathyroid hormone type 1 receptor (PTH1R) is a prototypical class B1 G-protein-coupled receptor that couples to both G and G, having a crucial role in calcium homeostasis and serving as a ...The parathyroid hormone type 1 receptor (PTH1R) is a prototypical class B1 G-protein-coupled receptor that couples to both G and G, having a crucial role in calcium homeostasis and serving as a therapeutic target for osteoporosis. Therapies targeting PTH1R face challenges because of G-associated prolonged signaling, which leads to bone resorption. To address this, selective activation of G signaling is desirable. However, the structural basis of G-mediated signaling remains unclear, limiting the development of signal-selective drugs. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the PTH1R-G complex in two distinct extracellular conformations, demonstrating the role of N-linked glycans at N176 in stabilizing the ligand-tilted conformation. Comparison with a G-bound PTH1R structure highlights the role of key interactions involving both the C terminus of Gα and the receptor's intracellular loop 2 in G signaling. These structural insights provide a foundation for understanding the molecular mechanisms of PTH1R signaling.
リンクNat Chem Biol / PubMed:40571720 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 2.8 Å
構造データ

61746

9jr2

EMDB-61746, PDB-9jr2:
Cryo-EM structure of PTH-PTH1R-Gq (upright state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

61747

9jr3

EMDB-61747, PDB-9jr3:
Cryo-EM structure of PTH-PTH1R-Gq (tilted state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-61795: Cryo-EM structure of PTH-PTH1R-Gq complex (upright state; consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-61796: Cryo-EM structure of PTH-PTH1R-Gq complex (upright state; receptor focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-61797: Cryo-EM structure of PTH-PTH1R-Gq complex (tilted state; consensus refinement map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-61798: Cryo-EM structure of PTH-PTH1R-Gq complex (tilted state; focused refinement map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus rattus (エジプトネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Class B GPCRs / Gq / PTH / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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