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Structure paper

タイトルMechanistic insights into 50 precursor recognition and targeting by erythromycin resistance methyltransferase.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 48, Page eaea1545, Year 2025
掲載日2025年11月28日
著者Sombuddha Sengupta / Rajat Mukherjee / Michael Pilsl / Siddharam Bagale / Arijit Das Adhikary / Aditi N Borkar / Pushpangadan Indira Pradeepkumar / Christoph Engel / Arindam Chowdhury / Prem S Kaushal / Ruchi Anand /
PubMed 要旨Erythromycin resistance methyltransferases (Erms) confer resistance to macrolide, lincosamide, and streptogramin B antibiotics by methylating an internal base (A2058, numbering) in an elusive ...Erythromycin resistance methyltransferases (Erms) confer resistance to macrolide, lincosamide, and streptogramin B antibiotics by methylating an internal base (A2058, numbering) in an elusive precursor ribosomal state. Here, we capture the 50 ribosomal precursor-Erm complex by cryo-EM and show that a transient pocket formed in the early steps of ribosome biogenesis, situated 35 angstrom from the methylation site, serves as an anchor for the auxiliary C-terminal domain of Erm, thereby playing a crucial role in achieving specificity in this short-lived substrate with evolving structural features. Cryo-EM reveals that the catalytic Rossman fold of Erm undergoes a swaying motion to facilitate substrate scouting. Corroboratory smFRET studies show that for effective catalysis, Erm transitions between multiple conformations, an effective strategy adopted to orient the dynamic helix where methylation occurs. Unraveling this unique mechanism of targeting adopted by Erm paves the way for selective design of allosteric inhibitors directed toward reversing MLS resistance.
リンクSci Adv / PubMed:41296849 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 4.7 Å
構造データ

61605

9jmk

EMDB-61605, PDB-9jmk:
50S Ribosomal Subunit precursor state III
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-61613: 50S subunit precursor state I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

61625

9jns

EMDB-61625, PDB-9jns:
50S precursor - Erm complex (C-II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

61781

9jsr

EMDB-61781, PDB-9jsr:
50S precursor - Erm complex (C-I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-AN6:
5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • bacillus subtilis (枯草菌)
キーワードRIBOSOME / 50S subunit / Precursor / Ribosome assembly intermediate / 50S precursor / Erm / methyltransferase / antibiotic resistance / ribosome-protein complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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