[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルTransport of herbicides by PIN-FORMED auxin transporters.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年8月31日
著者Lukas Schulz / Kien Lam Ung / Sarah Koutnik-Abele / David L Stokes / Bjørn Panyella Pedersen / Ulrich Z Hammes /
PubMed 要旨Auxins are a group of phytohormones that control plant growth and development . Their crucial role in plant physiology has inspired development of potent synthetic auxins that can be used as ...Auxins are a group of phytohormones that control plant growth and development . Their crucial role in plant physiology has inspired development of potent synthetic auxins that can be used as herbicides . Phenoxyacetic acid derivatives are a widely used group of auxin herbicides in agriculture and research. Despite their prevalence, the identity of the transporters required for distribution of these herbicides in plants is both poorly understood and the subject of controversial debate . Here we show that PIN-FORMED auxin transporters transport a range of phenoxyacetic acid herbicides across the membrane and we characterize the molecular determinants of this process using a variety of different substrates as well as protein mutagenesis to control substrate specificity. Finally, we present Cryo-EM structures of PIN8 with 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) or 4-chlorophenoxyacetic acid (4-CPA) bound. These structures represent five key states from the transport cycle, allowing us to describe conformational changes associated with substrate binding and transport across the membrane. Overall, our results reveal that phenoxyacetic acid herbicides use the same export machinery as endogenous auxins and exemplify how transporter binding sites undergo transformations that dictate substrate specificity. These results enable development of novel synthetic auxins and for guiding precision breeding of herbicide resistant crop plants.
リンクbioRxiv / PubMed:39257797 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.31 - 3.54 Å
構造データ

50950

9g0w

EMDB-50950, PDB-9g0w:
auxin transporter PIN8 as asymmetric dimer (inward/outward) with 2,4-D bound in the inward vestibule prebinding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

50951

9g0x

EMDB-50951, PDB-9g0x:
auxin transporter PIN8 as asymmetric dimer (inward/outward) with 4-CPA bound in the inward vestibule prebinding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

50952

9g0z

EMDB-50952, PDB-9g0z:
auxin transporter PIN8 as symmetric dimer (outward/outward) with 4-CPA bound in the outward binding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

50953

9g10

EMDB-50953, PDB-9g10:
auxin transporter PIN8 as asymmetric dimer (outward/inward) with 4-CPA bound in the outward partly released state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

化合物

ChemComp-CFA:
(2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-DLP:
1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1ihp:
STRUCTURE OF PHOSPHOMONOESTERASE

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Auxin transport / AEC family / BART superfamily / TRANSPORT PROTEIN

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る