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Structure paper

タイトルStructural basis of 3'-tRNA maturation by the human mitochondrial RNase Z complex.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 43, Issue 24, Page 6573-6590, Year 2024
掲載日2024年11月8日
著者Genís Valentín Gesé / B Martin Hällberg /
PubMed 要旨Maturation of human mitochondrial tRNA is essential for cellular energy production, yet the underlying mechanisms remain only partially understood. Here, we present several cryo-EM structures of the ...Maturation of human mitochondrial tRNA is essential for cellular energy production, yet the underlying mechanisms remain only partially understood. Here, we present several cryo-EM structures of the mitochondrial RNase Z complex (ELAC2/SDR5C1/TRMT10C) bound to different maturation states of mitochondrial tRNA, showing the molecular basis for tRNA-substrate selection and catalysis. Our structural insights provide a molecular rationale for the 5'-to-3' tRNA processing order in mitochondria, the 3'-CCA antideterminant effect, and the basis for sequence-independent recognition of mitochondrial tRNA substrates. Furthermore, our study links mutations in ELAC2 to clinically relevant mitochondrial diseases, offering a deeper understanding of the molecular defects contributing to these conditions.
リンクEMBO J / PubMed:39516281 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.9 - 3.34 Å
構造データ

EMDB-19954: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His, ELAC2 focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-19955: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-19956: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His precursor, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

EMDB-19957: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His precursor, ELAC2 focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-19958: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His-CCA, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-19959: Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His-CCA, ELAC2 focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-50050, PDB-9ey0:
Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-50051, PDB-9ey1:
Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His precursor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-50052, PDB-9ey2:
Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His-CCA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-51230, PDB-9gch:
Human mitochondrial RNase Z with tRNA-His-CCA, SDR5C1/TRMT10C focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNAseZ / ELAC2 / mitochondria / tRNA / RNase Z

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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