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タイトルCryo-EM analysis of Pseudomonas phage Pa193 structural components.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 7, Issue 1, Page 1275, Year 2024
掲載日2024年10月6日
著者Stephano M Iglesias / Chun-Feng David Hou / Johnny Reid / Evan Schauer / Renae Geier / Angela Soriaga / Lucy Sim / Lucy Gao / Julian Whitelegge / Pierre Kyme / Deborah Birx / Sebastien Lemire / Gino Cingolani /
PubMed 要旨The World Health Organization has designated Pseudomonas aeruginosa as a critical pathogen for the development of new antimicrobials. Bacterial viruses, or bacteriophages, have been used in various ...The World Health Organization has designated Pseudomonas aeruginosa as a critical pathogen for the development of new antimicrobials. Bacterial viruses, or bacteriophages, have been used in various clinical settings, commonly called phage therapy, to address this growing public health crisis. Here, we describe a high-resolution structural atlas of a therapeutic, contractile-tailed Pseudomonas phage, Pa193. We used bioinformatics, proteomics, and cryogenic electron microscopy single particle analysis to identify, annotate, and build atomic models for 21 distinct structural polypeptide chains forming the icosahedral capsid, neck, contractile tail, and baseplate. We identified a putative scaffolding protein stabilizing the interior of the capsid 5-fold vertex. We also visualized a large portion of Pa193 ~ 500 Å long tail fibers and resolved the interface between the baseplate and tail fibers. The work presented here provides a framework to support a better understanding of phages as biomedicines for phage therapy and inform engineering opportunities.
リンクCommun Biol / PubMed:39370451 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.5 Å
構造データ

44163

9b40

EMDB-44163, PDB-9b40:
Pseudomonas phage Pa193 5-fold vertex (capsid, decorating, and scaffolding proteins)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

44164

9b41

EMDB-44164, PDB-9b41:
Pseudomonas phage Pa193 Neck (portal and head-to-tail proteins)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

44166

9b42

EMDB-44166, PDB-9b42:
Pseudomonas phage Pa193 neck and extended tail (collar, gateway, tail tube, and sheath proteins)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

44168

9b45

EMDB-44168, PDB-9b45:
Pseudomonas phage Pa193 baseplate complex and tail fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • pseudomonas virus pa193 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / phage / bacteriophage / gene product 24 (gp24) / STRUCTURAL PROTEIN / gene product 25 (gp25) / scaffolding protein / decorating protein / major capsid protein / gene product 26 (gp26) / gene product (gp19) / gene product 28 (gp28) / head-to-tail protein / portal protein / gene product (gp29) / gene product 30 (gp30) / collar protein / gateway protein / sheath protein / tail tube protein / gene product 32 (gp32) / gene product 33 (gp33) / baseplate complex / tail fiber

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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