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タイトルAn engineered immunogen activates diverse HIV broadly neutralizing antibody precursors and promotes acquisition of improbable mutations.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 17, Issue 780, Page eadr2218, Year 2025
掲載日2025年1月8日
著者Olivia M Swanson / Qianyi E Zhang / Elizabeth Van Itallie / Ming Tian / Alecia R Brown / Caitlin Harris / Anyway Brenda Kapingidza / Brianna Rhodes / Lena M Smith / Sravani Venkatayogi / Kenneth Cronin / McKenzie Frazier / Rob Parks / Maggie Bar / Chuancang Jiang / Joshua S Martin Beem / Hwei-Ling Cheng / Jillian Davis / Kelly McGovern / Amanda Newman / Robert J Edwards / Derek Cain / S Munir Alam / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Priyamvada Acharya / Fred Alt / Barton F Haynes / Mihai L Azoitei /
PubMed 要旨Elicitation of HIV broadly neutralizing antibodies (bnAbs) by vaccination first requires the activation of diverse precursors, followed by successive boosts that guide these responses to enhanced ...Elicitation of HIV broadly neutralizing antibodies (bnAbs) by vaccination first requires the activation of diverse precursors, followed by successive boosts that guide these responses to enhanced breadth through the acquisition of somatic mutations. Because HIV bnAbs contain mutations in their B cell receptors (BCRs) that are rarely generated during conventional B cell maturation, HIV vaccine immunogens must robustly engage and expand B cells with BCRs that contain these improbable mutations. Here, we engineered an immunogen that activates diverse precursors of an HIV V3-glycan bnAb and promotes their acquisition of a functionally critical improbable mutation. This immunogen was validated biochemically, structurally, and in three different humanized immunoglobulin mouse models that were designed to test HIV immunogens. These results provide a blueprint for rationally designing priming immunogens that explicitly target the elicitation of antibodies with functional yet improbable mutations.
リンクSci Transl Med / PubMed:39772772 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 3.8 Å
構造データ

43879

9aug

EMDB-43879, PDB-9aug:
Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3.G57R
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

43880

9auh

EMDB-43880, PDB-9auh:
Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

43881

9aui

EMDB-43881, PDB-9aui:
Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Envelope / Glycoprotein / Trimer / Antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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