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- EMDB-43880: Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43880
タイトルCryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: UCA3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: UCA3 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEnvelope / Glycoprotein / Trimer / Antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhang QE / Acharya P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI170752 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144371 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: An engineered immunogen activates diverse HIV broadly neutralizing antibody precursors and promotes acquisition of improbable mutations.
著者: Olivia M Swanson / Qianyi E Zhang / Elizabeth Van Itallie / Ming Tian / Alecia R Brown / Caitlin Harris / Anyway Brenda Kapingidza / Brianna Rhodes / Lena M Smith / Sravani Venkatayogi / ...著者: Olivia M Swanson / Qianyi E Zhang / Elizabeth Van Itallie / Ming Tian / Alecia R Brown / Caitlin Harris / Anyway Brenda Kapingidza / Brianna Rhodes / Lena M Smith / Sravani Venkatayogi / Kenneth Cronin / McKenzie Frazier / Rob Parks / Maggie Bar / Chuancang Jiang / Joshua S Martin Beem / Hwei-Ling Cheng / Jillian Davis / Kelly McGovern / Amanda Newman / Robert J Edwards / Derek Cain / S Munir Alam / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Priyamvada Acharya / Fred Alt / Barton F Haynes / Mihai L Azoitei /
要旨: Elicitation of HIV broadly neutralizing antibodies (bnAbs) by vaccination first requires the activation of diverse precursors, followed by successive boosts that guide these responses to enhanced ...Elicitation of HIV broadly neutralizing antibodies (bnAbs) by vaccination first requires the activation of diverse precursors, followed by successive boosts that guide these responses to enhanced breadth through the acquisition of somatic mutations. Because HIV bnAbs contain mutations in their B cell receptors (BCRs) that are rarely generated during conventional B cell maturation, HIV vaccine immunogens must robustly engage and expand B cells with BCRs that contain these improbable mutations. Here, we engineered an immunogen that activates diverse precursors of an HIV V3-glycan bnAb and promotes their acquisition of a functionally critical improbable mutation. This immunogen was validated biochemically, structurally, and in three different humanized immunoglobulin mouse models that were designed to test HIV immunogens. These results provide a blueprint for rationally designing priming immunogens that explicitly target the elicitation of antibodies with functional yet improbable mutations.
履歴
登録2024年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43880.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43880.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0405996 - 1.5759588
平均 (標準偏差)0.00057701307 (±0.032321554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43880_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43880_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3

全体名称: Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: UCA3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: UCA3 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3

超分子名称: Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp120

分子名称: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: d949.GS-gp120 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 52.505453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSDAGSGGV EEMKNCSFNT TTEIRDKEKK EYALFYKPDI VPLSETNNTS EYRLINCNTS A CTQACPKV ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSDAGSGGV EEMKNCSFNT TTEIRDKEKK EYALFYKPDI VPLSETNNTS EYRLINCNTS A CTQACPKV TFEPIPIHYC APAGYAILKC NDETFNGTGP CSNVSTVQCT HGIRPVVSTQ LLLNGSLAEK EIVIRSENLT NN AKIIIVH LHTPVEIVCT RPNNNTRKSV RIGPGQTFYA TGDIIGDIKQ AHCNISEEKW NDTLQKVGIE LQKHFPNKTI KYN QSAGGD MEITTHSFNC GGEFFYCNTS NLFNGTYNGT YISTNSSANS TSTITLQCRI KQIINMWQGV GRCMYAPPIA GNIT CRSNI TGLLLTRDGG TNSNETETFR PAGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGRR RRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp41

分子名称: HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: d949.GS-gp41 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: UCA3 heavy chain

分子名称: UCA3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.980939 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCARG GWISLYYDSS GYPNFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCARG GWISLYYDSS GYPNFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKRVEPK SCDK

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分子 #4: UCA3 light chain

分子名称: UCA3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.719115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG SYNLVSWYQQ HPGKAPKLMI YEVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CCSYAGSSTV IFGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG SYNLVSWYQQ HPGKAPKLMI YEVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CCSYAGSSTV IFGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 13821 / 平均電子線量: 66.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.35000000000000003 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3920720
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 597407
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9auh:
Cryo-EM structure of CH848.d949.10.17.GS-DH270.UCA3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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