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タイトルInsights into the divergence of the photosynthetic LH1 complex obtained from structural analysis of the unusual photocomplexes of Roseospirillum parvum.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 7, Issue 1, Page 1658, Year 2024
掲載日2024年12月19日
著者Xiang-Ping Wang / Guang-Lei Wang / Yuan Fu / Akane Minamino / Mei-Juan Zou / Fei Ma / Bo Xu / Zheng-Yu Wang-Otomo / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Jörg Overmann / Long-Jiang Yu /
PubMed 要旨Purple phototrophic bacteria produce two kinds of light-harvesting complexes that function to capture and transmit solar energy: the core antenna (LH1) and the peripheral antenna (LH2). The ...Purple phototrophic bacteria produce two kinds of light-harvesting complexes that function to capture and transmit solar energy: the core antenna (LH1) and the peripheral antenna (LH2). The apoproteins of these antennas, encoded respectively by the genes pufBA and pucBA within and outside the photosynthetic gene cluster, respectively, exhibit conserved amino acid sequences and structural topologies suggesting they were derived from a shared ancestor. Here we present the structures of two photosynthetic complexes from Roseospirillum (Rss.) parvum 930I: an LH1-RC complex and a variant of the LH1 complex also encoded by pufBA that we designate as LH1'. The LH1-RC complex forms a closed elliptical structure consisting of 16 pairs of αβ-polypeptides that surrounds the RC. By contrast, the LH1' complex is a closed ring structure composed of 14 pairs of αβ-polypeptides, and it shows significant similarities to LH2 complexes both spectrally and structurally. Although LH2-like, the LH1' complex is larger than any known LH2 complexes, and genomic analyses of Rss. parvum revealed the absence of pucBA, genes that encode classical LH2 complexes. Characterization of the unique Rss. parvum photocomplexes not only underscores the diversity of such structures but also sheds new light on the evolution of light-harvesting complexes from phototrophic bacteria.
リンクCommun Biol / PubMed:39702771 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.35 - 2.65 Å
構造データ

60158

8zjw

EMDB-60158, PDB-8zjw:
Cryo-EM structure of photosynthetic LH1' complex of Roseospirillum parvum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

60165

8zk2

EMDB-60165, PDB-8zk2:
Cryo-EM structure of photosynthetic LH1-RC core complex of Roseospirillum parvum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

化合物

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

ChemComp-8K6:
Octadecane / オクタデカン

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

由来
  • roseospirillum parvum (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1 prime complex / ROSEOSPIRILLUM PARVUM 930I / LH1-RC core complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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