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タイトルReverse hierarchical DED assembly in the cFLIP-procaspase-8 and cFLIP-procaspase-8-FADD complexes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8974, Year 2024
掲載日2024年10月17日
著者Chao-Yu Yang / Yi-Chun Tseng / Yi-Fan Tu / Bai-Jiun Kuo / Li-Chung Hsu / Chia-I Lien / You-Sheng Lin / Yin-Ting Wang / Yen-Chen Lu / Tsung-Wei Su / Yu-Chih Lo / Su-Chang Lin /
PubMed 要旨cFLIP, a master anti-apoptotic regulator, targets the FADD-induced DED complexes of procaspase-8 in death receptor and ripoptosome signaling pathways. Several tumor cells maintain relatively high ...cFLIP, a master anti-apoptotic regulator, targets the FADD-induced DED complexes of procaspase-8 in death receptor and ripoptosome signaling pathways. Several tumor cells maintain relatively high levels of cFLIP in achieving their immortality. However, understanding the three-dimensional regulatory mechanism initiated or mediated by elevated levels of cFLIP has been limited by the absence of the atomic coordinates for cFLIP-induced DED complexes. Here we report the crystal plus cryo-EM structures to uncover an unconventional mechanism where cFLIP and procaspase-8 autonomously form a binary tandem DED complex, independent of FADD. This complex gains the ability to recruit FADD, thereby allosterically modulating cFLIP assembly and partially activating caspase-8 for RIPK1 cleavage. Our structure-guided mutagenesis experiments provide critical insights into these regulatory mechanisms, elucidating the resistance to apoptosis and necroptosis in achieving immortality. Finally, this research offers a unified model for the intricate bidirectional hierarchy-based processes using multiprotein helical assembly to govern cell fate decisions.
リンクNat Commun / PubMed:39419969 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.09 - 3.97 Å
構造データ

EMDB-39424, PDB-8yni:
Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-39425, PDB-8ynk:
Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

EMDB-39426, PDB-8ynl:
Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

EMDB-39427, PDB-8ynm:
Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-39428, PDB-8ynn:
Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

PDB-8ym4:
Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.34 Å

PDB-8ym5:
Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-8ym6:
Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-SE:
SELENIUM ATOM / ヒドリドセレン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードAPOPTOSIS / FADD / Caspase-8 / cFLIP / death effector domain / cellular FLICE-like inhibitory protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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