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タイトルSecY translocon chaperones protein folding during membrane protein insertion.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 188, Issue 7, Page 1912-1924.e13, Year 2025
掲載日2025年4月3日
著者Xiaomin Ou / Chengying Ma / Dongjie Sun / Jinkun Xu / Yang Wang / Xiaofei Wu / Dali Wang / Song Yang / Ning Gao / Chen Song / Long Li /
PubMed 要旨The Sec translocon is vital for guiding membrane protein insertion into lipid bilayers. The insertion and folding processes of membrane proteins are poorly understood. Here, we report cryo-electron ...The Sec translocon is vital for guiding membrane protein insertion into lipid bilayers. The insertion and folding processes of membrane proteins are poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of multi-spanning membrane proteins inserting through the SecY channel, the Sec translocon in prokaryotes. The high-resolution structures illustrate how bulky amino acids pass the narrow channel restriction. Comparison of different translocation states reveals that the cytoplasmic and extracellular cavities of the channel create distinct environments for promoting the unfolding and folding of transmembrane segments (TMs), respectively. Released substrate TMs are either flexible or stabilized by an unexpected hydrophilic groove between TM3 and TM4 of SecY. Disruption of the groove causes global defects in the folding of the membrane proteome. These findings demonstrate that beyond its role as a passive protein-conducting channel, the SecY translocon actively serves as a chaperone, employing multiple mechanisms to promote membrane protein insertion and folding.
リンクCell / PubMed:39978345
手法EM (単粒子)
解像度2.97 - 3.97 Å
構造データ

39085

8y9y

EMDB-39085, PDB-8y9y:
Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

39086

8y9z

EMDB-39086, PDB-8y9z:
Structure of the SecA-SecY complex with the substrate HmBRI-3TM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

39087

8ya0

EMDB-39087, PDB-8ya0:
Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

39088

8ya2

EMDB-39088, PDB-8ya2:
Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+20C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

39090

8ya3

EMDB-39090, PDB-8ya3:
Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C) treated with DTT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

39106

8yas

EMDB-39106, PDB-8yas:
Structure of the SecA-SecY complex with the substrate HmBRI-7TM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • geobacillus thermodenitrificans ng80-2 (バクテリア)
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • lama glama (ラマ)
  • haloarcula marismortui atcc 43049 (好塩性)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Protein translocation / Membrane protein insertion / Protein chaperone / SecY

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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