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万見
- PDB-8y9y: Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y9y
タイトルStructure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C)
要素
  • (Protein translocase subunit ...) x 3
  • Substrate FtsQ-LacY(+1C)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Protein translocation / Membrane protein insertion / Protein chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsQBL complex / lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / divisome complex / cell envelope Sec protein transport complex / lactose binding / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex ...FtsQBL complex / lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / divisome complex / cell envelope Sec protein transport complex / lactose binding / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / carbohydrate transport / protein secretion / transmembrane protein transporter activity / protein targeting / membrane raft / cell division / ATP binding / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal ...LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SEC-C motif / SEC-C motif / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / POTRA domain / POTRA domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Lactose permease / Cell division protein FtsQ / Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Ou, X. / Ma, C. / Sun, D. / Xu, J. / Wu, X. / Gao, N. / Li, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900,2016YFA0500401 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725007,31630087,31800625,21873006,31870835 中国
Other government2018M631249,2019M650327
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: SecY translocon chaperones protein folding during membrane protein insertion.
著者: Xiaomin Ou / Chengying Ma / Dongjie Sun / Jinkun Xu / Yang Wang / Xiaofei Wu / Dali Wang / Song Yang / Ning Gao / Chen Song / Long Li /
要旨: The Sec translocon is vital for guiding membrane protein insertion into lipid bilayers. The insertion and folding processes of membrane proteins are poorly understood. Here, we report cryo-electron ...The Sec translocon is vital for guiding membrane protein insertion into lipid bilayers. The insertion and folding processes of membrane proteins are poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of multi-spanning membrane proteins inserting through the SecY channel, the Sec translocon in prokaryotes. The high-resolution structures illustrate how bulky amino acids pass the narrow channel restriction. Comparison of different translocation states reveals that the cytoplasmic and extracellular cavities of the channel create distinct environments for promoting the unfolding and folding of transmembrane segments (TMs), respectively. Released substrate TMs are either flexible or stabilized by an unexpected hydrophilic groove between TM3 and TM4 of SecY. Disruption of the groove causes global defects in the folding of the membrane proteome. These findings demonstrate that beyond its role as a passive protein-conducting channel, the SecY translocon actively serves as a chaperone, employing multiple mechanisms to promote membrane protein insertion and folding.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年2月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年2月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
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改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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改定 1.22025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA
Y: Protein translocase subunit SecY
E: Protein translocase subunit SecE
B: Substrate FtsQ-LacY(+1C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,7467
ポリマ－152,2294
非ポリマー5183
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Protein translocase subunit ... , 3種, 3分子 AYE

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA


分子量: 88673.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: secA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P28366, protein-secreting ATPase
#2: タンパク質 Protein translocase subunit SecY


分子量: 47512.051 Da / 分子数: 1 / Mutation: G60C, Q202T, F211T, R213N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
遺伝子: secY / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A4IJK8
#3: タンパク質 Protein translocase subunit SecE


分子量: 8249.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
遺伝子: secE / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A4IJH4

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#4: タンパク質 Substrate FtsQ-LacY(+1C) / Lactose-proton symport


分子量: 7792.976 Da / 分子数: 1 / Mutation: T1M,R2A,L3K,A4K,G5T,C53A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ftsQ, b0093, JW0091, lacY / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P06136, UniProt: P02920

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 57.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212292 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01213138
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.11417735
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.1841785
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0652008
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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