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タイトルRapid clonal expansion and somatic hypermutation contribute to the fate of SARS-CoV-2 broadly neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページJ Immunol, Vol. 214, Issue 2, Page 278-289, Year 2025
掲載日2025年2月1日
著者Miao Wang / Congcong Liu / Qing Fan / Yuehong Sun / Shilong Tang / Huimin Guo / Bing Zhou / Haiyan Wang / Xiangyang Ge / Zheng Zhang / Bin Ju /
PubMed 要旨Several vaccines and immunization strategies, including inactivated vaccines, have proven effective in eliciting antibodies against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), ...Several vaccines and immunization strategies, including inactivated vaccines, have proven effective in eliciting antibodies against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), providing an opportunity to characterize the antibody response. In this study, we investigated the monoclonal antibody responses elicited by wild-type SARS-CoV-2 inactivated vaccination compared to those elicited by natural infection and mRNA vaccination. The analysis showed that antibodies encoded by biased germline genes were shared between SARS-CoV-2 vaccinated and naturally infected individuals. Among the 35 shared clonotypes identified, besides the well-known IGHV3-53 and IGHV1-58, we identified a class of IGHV4-59 antibodies characterized by rapid response and neutralizing activity, elicited by 3 doses of inactivated vaccine. Members of this lineage exhibited similar sensitivity against wild-type SARS-CoV-2, whereas different neutralizing activities against SARS-CoV-2 variants, especially against various Omicron subvariants, BA.1, BA.2, BA.2.12.1, BA.4/5, and BA.2.75. Structural analysis of BA.1 spike complexed with VacBB-639 revealed that the IGHV4-59-lineage antibodies belonged to the Class 2/3 group. Using sequence alignment, site-mutation assays, and functional verification, we identified two substitutions, N60K in HFR3 and S56G in HCDR2, contributing to opposite neutralization changes of IGHV4-59-lineage antibodies against these Omicron subvariants. These results demonstrate the importance of somatic hypermutation in the evolution of prototypical antigen-elicited antibodies in terms of their neutralization breadth and potency against SARS-CoV-2 Omicron variants.
リンクJ Immunol / PubMed:40073246
手法EM (単粒子)
解像度4.19 Å
構造データ

38610

8xrq

EMDB-38610, PDB-8xrq:
SARS-CoV-2 BA.1 spike RBD in complex bound with VacBB-639
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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