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タイトルDistinct quaternary states, intermediates, and autoinhibition during loading of the DnaB-replicative helicase by the phage λP helicase loader.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 53, Issue 22, Year 2025
掲載日2025年11月26日
著者Abhipsa Shatarupa / Dhanjai Brown / Paul Dominic B Olinares / Jillian Chase / Eta Isiorho / Brian T Chait / David Jeruzalmi /
PubMed 要旨Replicative helicases need loader proteins to assemble at DNA replication origins. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind and load the Escherichia coli DnaB (B) replicative helicase ...Replicative helicases need loader proteins to assemble at DNA replication origins. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind and load the Escherichia coli DnaB (B) replicative helicase onto single-stranded (ss) DNA from the replication origin. We find that the E. coli DnaB•λP complex exists in two forms: B6P5 and B6P6. In the 2.66 Å cryo-EM structure of B6P5, five λP loader copies form a crown-like shape that tightly grips DnaB. In this complex, the closed, planar DnaB is reconfigured into an open spiral with a large enough breach to allow ssDNA to enter an internal chamber. Transition to the open spiral involves λP-induced changes to the Docking Helix (DH)-Linker Helix (LH) interface. Unexpectedly, one λP chain in B6P5 is positioned across the breach. The disposition of this λP chain implies a complex pathway for entry of a replication-origin-derived ssDNA "bubble" ssDNA into the B6P5 complex. We propose that the B6P6 complex is an early intermediate in helicase activation in which neither DnaB nor λP has reached its final form. In this complex, DnaB adopts a partially open, ajar planar configuration. λP in B6P6 interacts more loosely with DnaB. The ssDNA- and ATP-binding sites in both complexes are not correctly configured for binding or hydrolysis. Our findings detail the distinct conformations of B6P6 and B6P5, allowing us to propose a structural model for the transition from an ajar planar to an open spiral configuration in the helicase loading pathway.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:41312769 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.86 - 3.85 Å
構造データ

43082

8v9t

EMDB-43082, PDB-8v9t:
Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

70269

9oa1

EMDB-70269, PDB-9oa1:
Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

70271

9oa2

EMDB-70271, PDB-9oa2:
Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

PDB-8v9s:
Distinct Quaternary States, Intermediates, and Autoinhibition During Loading of the DnaB-Replicative Helicase by the Phage Lambda P Helicase Loader
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia phage lambda (λファージ)
キーワードREPLICATION / hexameric DnaB helicase / replicative loader / Phage Lambda P helicase loader / bacterial DNA replication initiation / DNA BINDING PROTEIN / auto inhibition / bacterial DNA replication initiation intermediate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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