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タイトルProfiling of HIV-1 elite neutralizer cohort reveals a CD4bs bnAb for HIV-1 prevention and therapy.
ジャーナル・号・ページNat Immunol, Vol. 26, Issue 11, Page 2016-2029, Year 2025
掲載日2025年10月6日
著者Lutz Gieselmann / Andrew T DeLaitsch / Malena Rohde / Henning Gruell / Christoph Kreer / Meryem Seda Ercanoglu / Harry B Gristick / Philipp Schommers / Elvin Ahmadov / Caelan Radford / Andrea Mazzolini / Lily Zhang / Anthony P West / Johanna Worczinski / Anna Momot / Maren L Reichwein / Jacqueline Knüfer / Ricarda Stumpf / Nonhlanhla N Mkhize / Haajira Kaldine / Sinethemba Bhebhe / Sharvari Deshpande / Federico Giovannoni / Erin Stefanutti / Fabio Benigni / Colin Havenar-Daughton / Davide Corti / Arne Kroidl / Anurag Adhikari / Aubin J Nanfack / Georgia E Ambada / Ralf Duerr / Lucas Maganga / Wiston William / Nyanda E Ntinginya / Timo Wolf / Christof Geldmacher / Michael Hoelscher / Clara Lehmann / Penny L Moore / Thierry Mora / Aleksandra M Walczak / Peter B Gilbert / Nicole A Doria-Rose / Yunda Huang / Jesse D Bloom / Michael S Seaman / Pamela J Bjorkman / Florian Klein /
PubMed 要旨Administration of HIV-1 neutralizing antibodies can suppress viremia and prevent infection in vivo. However, clinical use is challenged by envelope diversity and rapid viral escape. Here, we ...Administration of HIV-1 neutralizing antibodies can suppress viremia and prevent infection in vivo. However, clinical use is challenged by envelope diversity and rapid viral escape. Here, we performed single B cell profiling of 32 top HIV-1 elite neutralizers to identify broadly neutralizing antibodies with highest antiviral activity. From 831 expressed monoclonal antibodies, we identified 04_A06, a V1-2-encoded broadly neutralizing antibody to the CD4 binding site with remarkable breadth and potency against multiclade pseudovirus panels (geometric mean half-maximal inhibitory concentration = 0.059 µg ml, breadth = 98.5%, 332 strains). Moreover, 04_A06 was not susceptible to classic CD4 binding site escape variants and maintained full viral suppression in HIV-1-infected humanized mice. Structural analyses revealed an unusually long 11-amino-acid heavy chain insertion that facilitates interprotomer contacts with highly conserved residues on the adjacent gp120 protomer. Finally, 04_A06 demonstrated high activity against contemporaneously circulating viruses from the Antibody-Mediated Prevention trials (geometric mean half-maximal inhibitory concentration = 0.082 µg ml, breadth = 98.4%, 191 virus strains), and in silico modeling for 04_A06LS predicted prevention efficacy of >93%. Thus, 04_A06 will provide unique opportunities for effective treatment and prevention of HIV-1 infection.
リンクNat Immunol / PubMed:41053396 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.75 - 3.8 Å
構造データ

42363

8ulr

EMDB-42363, PDB-8ulr:
Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 05_B08 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

42364

8uls

EMDB-42364, PDB-8uls:
Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 01_D03 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

42365

8ult

EMDB-42365, PDB-8ult:
Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

42366

8ulu

EMDB-42366, PDB-8ulu:
Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 and PGDM1400 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

46649

9d8v

EMDB-46649, PDB-9d8v:
Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

PDB-8uki:
Crystal structure of 04_A06 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / broadly neutralizing antibody / HIV-1 / CD4 binding site / Viral Protein/Immune System / ANTIBODY / CD4-BINDING SITE / IMMUNE COMPLEX / Viral Protein-Immune System complex / VIRAL PROTEIN / Envelope / SOSIP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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