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タイトルDistinct associations of pioneer factor Ascl1-E12a with nucleosomes drive changes in cell fate.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 86, Issue 13, Page 2458-2473.e13, Year 2026
掲載日2026年6月12日
著者Bing-Rui Zhou / Edgar Luzete-Monteiro / Jingchao Zhang / Naomi Takenaka / Hsin-Yao Tang / Meilin Fernandez Garcia / Mariel Coradin / Megan Frederick / Greg Donahue / Benjamin Garcia / Yawen Bai / Kenneth S Zaret /
PubMed 要旨Understanding how pioneer transcription factors target nucleosomal DNA and initiate chromatin accessibility reveals the earliest events in cell fate changes. We integrated structural, biochemical, ...Understanding how pioneer transcription factors target nucleosomal DNA and initiate chromatin accessibility reveals the earliest events in cell fate changes. We integrated structural, biochemical, and genomic approaches to assess how the pioneer factor Ascl1-E12a heterodimer perturbs nucleosomes in vitro and in vivo to induce a neural cell fate. Two Ascl1-E12a heterodimers shift and unwrap 15 bp of nucleosomal DNA in a stepwise manner while eliciting solvent exchanges within the octamer. Nucleosome binding, but not free DNA binding, by Ascl1-E12a is enhanced by two types of associations with the nucleosome that differentially affect the kinetics of DNA unwrapping and shifting. Nucleosome association mutants of Ascl1 perturb chromatin opening on linker histone-compacted nucleosome arrays-independent of nucleosome remodelers-and targeting of closed chromatin in vivo, with consequent deficiencies in cellular reprogramming. Our findings establish that distinct associations with nucleosomes are essential for the pioneer factor Ascl1 to overcome chromatin barriers to reprogram cell fate.
リンクMol Cell / PubMed:42285106 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 7.33 Å
構造データ

42040

8u9s

EMDB-42040, PDB-8u9s:
Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

42089

8ubi

EMDB-42089, PDB-8ubi:
Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv (Class_A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

42090

8ubj

EMDB-42090, PDB-8ubj:
Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv (3D Flex map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

42091

8ubk

EMDB-42091, PDB-8ubk:
Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-42092: Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome (Local Map 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-42093: Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome (Local Map 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

42094

8ubl

EMDB-42094, PDB-8ubl:
Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome (3D Flex map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-75506: Cryo-EM map of Ascl1-E12a in complex with NRCAM nucleosome without scFv
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.33 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nucleosome / pioneer transcription factors / DNA binding proteins / transcription

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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