[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of thiamine transport and drug recognition by SLC19A3.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8542, Year 2024
掲載日2024年10月2日
著者Florian Gabriel / Lea Spriestersbach / Antonia Fuhrmann / Katharina E J Jungnickel / Siavash Mostafavi / Els Pardon / Jan Steyaert / Christian Löw /
PubMed 要旨Thiamine (vitamin B) functions as an essential coenzyme in cells. Humans and other mammals cannot synthesise this vitamin de novo and thus have to take it up from their diet. Eventually, every cell ...Thiamine (vitamin B) functions as an essential coenzyme in cells. Humans and other mammals cannot synthesise this vitamin de novo and thus have to take it up from their diet. Eventually, every cell needs to import thiamine across its plasma membrane, which is mainly mediated by the two specific thiamine transporters SLC19A2 and SLC19A3. Loss of function mutations in either of these transporters lead to detrimental, life-threatening metabolic disorders. SLC19A3 is furthermore a major site of drug interactions. Many medications, including antidepressants, antibiotics and chemotherapeutics are known to inhibit this transporter, with potentially fatal consequences for patients. Despite a thorough functional characterisation over the past two decades, the structural basis of its transport mechanism and drug interactions has remained elusive. Here, we report seven cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human thiamine transporter SLC19A3 in complex with various ligands. Conformation-specific nanobodies enable us to capture different states of SLC19A3's transport cycle, revealing the molecular details of thiamine recognition and transport. We identify seven previously unknown drug interactions of SLC19A3 and present structures of the transporter in complex with the inhibitors fedratinib, amprolium and hydroxychloroquine. These data allow us to develop an understanding of the transport mechanism and ligand recognition of SLC19A3.
リンクNat Commun / PubMed:39358356 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.87 - 3.75 Å
構造データ

19716

8s4u

EMDB-19716, PDB-8s4u:
Cryo-EM structure of apo human SLC19A3 in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

19750

8s5u

EMDB-19750, PDB-8s5u:
Cryo-EM structure of thiamine-bound human SLC19A3 in outward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

19752

8s5w

EMDB-19752, PDB-8s5w:
Cryo-EM structure of fedratinib-bound human SLC19A3 in inward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

19753

8s5z

EMDB-19753, PDB-8s5z:
Cryo-EM structure of hydroxychloroquine-bound human SLC19A3 in inward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

19754

8s61

EMDB-19754, PDB-8s61:
Cryo-EM structure of thiamine-bound human SLC19A3 in inward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

19755

8s62

EMDB-19755, PDB-8s62:
Cryo-EM structure of amprolium-bound human SLC19A3 in inward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

51088

9g5k

EMDB-51088, PDB-9g5k:
Cryo-EM structure of apo human SLC19A3 in inward-open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-VIB:
3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム / 薬剤*YM

ChemComp-2TA:
N-tert-butyl-3-{[5-methyl-2-({4-[2-(pyrrolidin-1-yl)ethoxy]phenyl}amino)pyrimidin-4-yl]amino}benzenesulfonamide / TG-101348 / 薬剤, 抗がん剤*YM

PDB-1h5d:
X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (0-11% dose)

PDB-1h5c:
X-ray induced reduction of horseradish peroxidase C1A Compound III (100-200% dose)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC19A3 / vitamin transporter / thiamine transporter / MFS fold / nanobody complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る