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Structure paper

タイトルMolecular basis of human nuclear and mitochondrial tRNA 3' processing.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 4, Page 613-624, Year 2025
掲載日2025年1月2日
著者Arjun Bhatta / Bernhard Kuhle / Ryan D Yu / Lucas Spanaus / Katja Ditter / Katherine E Bohnsack / Hauke S Hillen /
PubMed 要旨Eukaryotic transfer RNA (tRNA) precursors undergo sequential processing steps to become mature tRNAs. In humans, ELAC2 carries out 3' end processing of both nucleus-encoded (nu-tRNAs) and ...Eukaryotic transfer RNA (tRNA) precursors undergo sequential processing steps to become mature tRNAs. In humans, ELAC2 carries out 3' end processing of both nucleus-encoded (nu-tRNAs) and mitochondria-encoded (mt-tRNAs) tRNAs. ELAC2 is self-sufficient for processing of nu-tRNAs but requires TRMT10C and SDR5C1 to process most mt-tRNAs. Here we show that TRMT10C and SDR5C1 specifically facilitate processing of structurally degenerate mt-tRNAs lacking the canonical elbow. Structures of ELAC2 in complex with TRMT10C, SDR5C1 and two divergent mt-tRNA substrates reveal two distinct mechanisms of pre-tRNA recognition. While canonical nu-tRNAs and mt-tRNAs are recognized by direct ELAC2-RNA interactions, processing of noncanonical mt-tRNAs depends on protein-protein interactions between ELAC2 and TRMT10C. These results provide the molecular basis for tRNA 3' processing in both the nucleus and the mitochondria and explain the organelle-specific requirement for additional factors. Moreover, they suggest that TRMT10C-SDR5C1 evolved as a mitochondrial tRNA maturation platform to compensate for the structural erosion of mt-tRNAs in bilaterian animals.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39747487 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.93 - 4.0 Å
構造データ

19453

8rr1

EMDB-19453, PDB-8rr1:
Human mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N catalytic mutant and tRNA-Tyr precursor (Composite model)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-19454: Consensus map of human mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N mutant and tRNA-Gln precursor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

19455

8rr3

EMDB-19455, PDB-8rr3:
Human mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N catalytic mutant and tRNA-Gln precursor (Composite model)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-19456: Consensus refinement map of human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

19457

8rr4

EMDB-19457, PDB-8rr4:
Human mitochondrial RNase Z complex with ELAC2-D550N catalytic mutant with ordered flexible arm and tRNA-Tyr precursor - (Composite model)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-19458: Consensus map of human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Tyr precursor (Class with ordered ELAC2 flexible arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-19469: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Tyr precursor - Focused map around ELAC2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-19470: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Gln precursor - Focused map around ELAC2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-19471: Human mitochondrial RNase Z complex with tRNA-Tyr precursor and ordered ELAC2 flexible arm - ELAC2 focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA processing / RNase Z / endonuclease / mitochondrial

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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